Bioinformations n° 40 - octobre 2024

Retour sur les formations IFB de cette fin d’année

Trois formations phares ont été organisées par l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) aux côtés de plusieurs partenaires, mêlant expertise scientifique et apprentissages pratiques. Ces formations s'inscrivent dans l'engagement de l'IFB à soutenir la communauté scientifique, dont les bioinformaticiens, à travers des approches pratiques et une mutualisation des savoirs.

- Formation WF4bioinfo 2024 : les langages de workflows pour des analyses bioinformatiques reproductibles 

Une nouvelle formation a été créée à l’IFB en 2024 sur le thème de la reproductibilité en partenariat avec les plateforme iPOP-Up et PB-IBENS et avec une équipe pédagogique composée d'experts de plusieurs plateformes et équipes de recherche (plateformes PB-IBENS, Migale et SouthGreen, équipes bioinformatique de l’Institut Curie, de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule et de l’UMR  Génétique Diversité Ecophysiologie des Céréales)

Du développement à l’implémentation, cette formation a permis une plongée dans les langages de workflows tels que Nextflow et Snakemake. L’objectif ? Permettre aux participants d’acquérir des compétences  avancées  pour rendre leurs workflows d’analyses bioinformatiques reproductibles.. Nouveauté :  les participants ont pu travailler sur leur propre workflow dans une approche “Bring your own script” avec l’aide de l’équipe pédagogique.  Les supports de cours sont à retrouver sur le site Moodle de l’IFB

 
- SincellTE 2024 : un éclairage sur la transcriptomique, la technologie long read et les données spatiales à résolution cellulaire

La 5e édition de ce workshop s’est concentrée sur l’analyse des données en cellules uniques  et s’est déroulée du 20 au 25 octobre à Roscoff dans le cadre d’un partenariat IFB-Institut Pasteur. Les participants ont exploré des approches innovantes en transcriptomique, spatial omics et séquençage long-read, renforçant leurs compétences dans ces technologies de pointe. Retrouvez les supports de cours sur le site Moodle dédié de l’IFB

- Formation EBAII (niveau 1) : des sessions de tutorats BYOD sur le traitement des données de séquençage

Destinée aux biologistes  (doctorants, chercheurs, ingénieurs) du secteur des Sciences de la Vie, de la Santé ou de l’Environnement, cette formation intensive d’une semaine proposée dans le cadre d’un partenariat INSERM-IFB met l’accent sur le traitement des données de séquençage à haut débit, avec une approche tutorée BYOD (Bring You Own Data). Depuis 12 ans, c’est une initiation idéale pour maîtriser les outils et méthodes d’analyse des données de séquençage, n’hésitez pas à en parler autour de vous ! Les supports pédagogiques sont à retrouver sur le site Moodle de l’IFB

Les participants ont salué la richesse des échanges et l'accompagnement personnalisé offert par les formateurs. Une dynamique à poursuivre en 2025.

Pour découvrir les sessions 2025, rendez-vous sur le site de l’IFB.

Actions de la SFBI et moyens de communication

Le site web de la SFBI est la vitrine de la Bioinformatique en France : https://www.sfbi.fr/. Vous y trouverez notamment des liens vers les principaux acteurs de la communauté bioinformatique française qui constitue le réseau de la SFBI.

Une des actions phare de la SFBI est la diffusion des offres d’emploi dans le domaine de la bioinformatique (du stage au poste permanent en passant par les thèses de doctorat et les contrats à durée déterminée). Vous les retrouverez directement sur notre site web mais également sur la liste de diffusion atitrée : emplois@sfbi.fr.

En parlant de liste, connaissez-vous la liste bioinfo@sfbi.fr ? C’est LE lien virtuel de la communauté Bioinformatique française à ne pas louper ! Elle permet de recevoir par email toutes les informations qui touchent notre communauté : les écoles thématiques, les conférences, les thèses et les HDR, …

Si vous voyez passer un événement d’intérêt sur la liste bioinfo@sfbi.fr et que vous souhaitez y participer, peut-être êtes-vous éligibles à une bourse de voyage SFBI ? Elle peut vous aider à financer votre hébergement ou votre déplacement à hauteur de 500€. Et si vous êtes plutôt du côté des organisateurs que des participants à un événement, n’hésitez pas à diffuser l’information sur la liste en vous y abonnant et à demander une bourse pour l’organisation de votre événement. Ce soutien de 500€ pourrait vous aider à financer une pause café ou un déplacement d’orateur.

Pour que toutes ces actions perdurent, n’hésitez pas à soutenir la SFBI via une adhésion à titre individuelle ou au titre de votre laboratoire, unité, équipe de recherche, plateforme via une adhésion Personne morale.

En plus du site web, n’hésitez pas à nous suivre sur LinkedIn, BlueSky et bientôt Mastodon ! La SFBI se fera moins présente sur le réseau X d'ici la fin de l'année et a décidé de ne plus utiliser ce réseau dès le 1er janvier 2025.

Actualités du réseau MERIT

Petit retour sur les journées MERIT du 6 au 8 Novembre 2024, qui ont réuni plus de 60 bioinformaticiennes et bioinformaticiens à Paris, dans l’objectif de poursuivre la mise en place des Groupes Thématiques (GT) du réseau et d’aborder les utilisations de l’Intelligence Artificielle (IA) pour l’annotation des génomes à travers une journée de présentations.

Chaque GT a travaillé pendant une demi-journée sur les actions à mener en 2025 afin de répondre au mieux aux attentes de la communauté. Un résumé de ces discussions est disponible conjointement au bilan de l’enquête menée par le réseau MERIT durant l’été. N’hésitez pas à prendre contact avec les animateurs de ces GT si vous souhaitez y contribuer.

La journée du 7 Novembre était dédiée à l’utilisation de l’IA pour l’annotation fonctionnelle et structurale des génomes, illustrée au travers de présentations et de retours d’expérience. Les supports de ces présentations sont disponibles sur la page de la journée. Jetez y un œil !

En parallèle, nous accueillons 3 nouveaux réseaux locaux en bioinformatique établis ou en cours de structuration à Grenoble, Lyon et Rouen. Ces 3 réseaux locaux s’ajoutent aux 12 déjà identifiés et dont la carte est disponible sur le site de MERIT. Si vous portez un projet de création de réseau local et qu’il n’est pas encore identifié sur la carte, contactez-nous via merit-bureau@services.cnrs.fr. 

Et si vous souhaitez rejoindre le réseau MERIT et participer à ses actions, quelque soit votre statut et votre employeur, inscrivez-vous à notre liste de diffusion.

BioStream n°1

Au programme de cette première émission :

• Présentation de l'association des Jeunes Bioinformaticiens de France (JeBiF)
• Présentation de la Société Française de Bioinformatique (SFBI)
• Des discussions sur l'état du paysage de la bioinformatique en France et les initiatives locales.

Cet événement a constitué un moment idéal pour les nouveaux venus dans la discipline de découvrir ce qui se passe en bioinformatique en France, et pour s’intégrer dans la dynamique de la communauté.

Nous avons eu le plaisir de voir de nombreux participants se joindre à nous, 250 personnes au total, et les échanges ont été d'une grande richesse. Pour ceux qui n'ont pas pu assister à ce premier BioStream, nous les invitons à rejoindre nos prochaines sessions, pour continuer à échanger et découvrir les acteurs et les projets de notre domaine !

Cependant, nous regrettons de vous informer que, pour des raisons de santé touchant deux des trois bénévoles responsables du BioStream, nous n’avons pas pu assurer la diffusion du BioStream prévu pour décembre. Mais ne vous inquiétez pas, nous reviendrons en pleine forme dès le mercredi 8 janvier 2025 pour un nouveau BioStream passionnant !

Les BioStreams sont donc un excellent moyen de rester connecté aux acteurs de la bioinformatique, d'en apprendre davantage sur les projets en cours et de tisser des liens avec les membres de cette communauté dynamique.

Ne manquez pas les prochains rendez-vous !

Nouvelle illustration des métiers de la bioinformatique

Nous enrichissons notre panel d'illustrations des métiers de la bioinformatique en vous proposant un nouvel entretien :

• Morgane Thomas-Chollier, maîtresse de conférence à l'Ecole Normale Supérieure, responsable scientifique de la plateforme GenomiqueENS et directire adjointe de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) chargée du réseau des plateformes, nous parle des multiples rôles qu'elle exerce au travers de ses différentes missions allant de l'accompagnement des doctorant·e·s à l'animation du réseau des plateformes. Cf. article.

Bonne lecture à vous, et si vous êtes intéressés par la diffusion de votre vision de votre métier, n'hésitez pas à nous contacter.

Actualités du GDR BIMMM

L'atelier MIGGS, financé par le GDR BIMMM, s'intéresse aux moyens d'extraire et d'associer des informations à partir de graphes de séquences, et plus particulièrement de pangénomes. Cet atelier vise à rassembler des experts, des concepteurs et des utilisateurs de méthodes basées sur ce type de données pour discuter des défis et saisir les opportunités présentées par les dernières innovations dans le domaine. Au-delà de cet objectif, l'atelier est conçu pour fédérer les participants autour de cette thématique afin de faire émerger des cadres d'analyse communs et des thématiques de recherche innovantes.

Le symposium MIGGS (Methods for Interfacing with Graphs of Genomic Sequences) s’est tenu à Lille le 23 septembre. Il a rassemblé des participantes et participants issus de la communauté académique et industrielle, aussi bien au niveau national qu’international (Royaume-Uni, Pays-Bas, Italie). Au total, 75 participantes et participants, dont 40 en présentiel.

La moitié des présentations a été faite par des jeunes chercheuses et chercheurs.

Les présentations des exposés invités ont été enregistrées et sont disponibles en ligne sur le site web de MIGGS. Les actes du symposium sont également disponibles sur le site.

Une 2e édition de ce workshop est prévue pour 2025, et sera annoncée sur les canaux habituels.

Une rencontre étudiants/professionnels à RENNES

Retour sur la Table Ronde du 29 Novembre 2024 : Échanges et Perspectives en Bioinformatique

Le 29 novembre 2024, une table ronde a réuni quatre experts de la bioinformatique à l’occasion d’un événement organisé par JeBiF (Jeunes Bioinformaticiens de France) et e-BIGO (association du master de bioinformatique de Rennes). Cette rencontre a offert une occasion unique de discuter des défis actuels et des perspectives d’avenir pour les étudiants et professionnels du domaine.

Des Intervenants aux Parcours Diversifiés

Les intervenants – Thomas Darde, Jeanne Got, Florent Denoual et Stéphanie Robin – ont partagé leurs expériences variées, allant de la recherche académique à l’industrie. Ils ont abordé des sujets clés tels que l’intelligence artificielle, l’évolution des méthodes de travail et la gestion des données sensibles, en particulier dans les milieux hospitaliers et de recherche.

Les Choix Professionnels Après le Master

Des Échanges Enrichissants

À la fin de la table ronde, un goûter convivial a permis aux étudiants, ce moment informel a renforcé les liens entre les participants, permettant aux étudiants de poser des questions et d’obtenir des conseils pratiques pour leur future carrière. Cet événement a été un véritable succès, les échanges ont été enrichis par des discussions sur les opportunités de carrière et les défis du métier. L'organisation de l'événement par JeBiF e-BIGO a permis de créer un cadre propice aux rencontres et aux réflexions sur les choix de carrières des futurs bioinformaticiens au de notre communauté.

JOBIM 2025, ce sera à Bordeaux !

Comme vous l’avez toutes et tous déjà noté, JOBIM 2025 pose ses valises à Bordeaux du 8 au 11 juillet 2025. Pour ne rien louper, rendez-vous sur https://jobim2025.labri.fr/.

L’appel à mini-symposiums a été lancé avec une date limite de soumission fixée au vendredi 17 janvier 2025 à 18h (envoi des propositions à sylvain.prigent@inrae.fr, patricia.thebault@u-bordeaux.fr, raluca.uricaru@u-bordeaux.fr).

Pour rappel, les mini-symposiums (durée : 3 heures) réunissent des scientifiques autour de thématiques spécialisées en bioinformatique. Ils doivent s’autofinancer et un engagement financier vous sera demandé au moment de la soumission (une enveloppe de soutien à l’organisation pourra être octroyée par la SFBI).

Vous manquez d’inspiration, n’hésitez pas à consulter les symposiums organisés les années précédentes (2022, 2023 et 2024).

Restez attentifs en début d’année, l’appel à contributions orales puis l’appel à posters ne tarderont pas.

Au plaisir de vous voir nombreux à Bordeaux en 2025 !

Open OnDemand, un accès simplifié vers les clusters de l’IFB

Qu’est-ce qu’Open OnDemand ?

Il s’agit d’une interface web intuitive, conçue pour faciliter l’accès aux ressources de calcul haute performance (HPC) que propose l’Institut Français de Bioinformatique (IFB). Au travers d’un simple navigateur web, le portail Open OnDemand permet aux utilisateurs de gérer leurs fichiers, soumettre des tâches, et accéder à diverses applications interactives telles que le bureau virtuel,  Jupyter Notebooks ou RStudio, sans avoir nécessairement la connaissance des lignes de commande, le tout dans des réservations de ressources de calcul pouvant monter jusqu’à plusieurs dizaines de CPU et centaines de Giga de RAM.

Pour qui ?
Cet outil s’adresse principalement aux chercheurs, bioinformaticiens et ingénieurs souhaitant exploiter la puissance du cluster pour leurs projets, dans un environnement complet de recherche intégrant au sein d'une même interface des fonctionnalités de visualisation et d'analyse de données. 

En quoi est-il utile ?
En offrant un accès simplifié aux infrastructures HPC, Open OnDemand réduit la barrière technique souvent associée au calcul scientifique. Cela permet aux utilisateurs de se concentrer sur l’analyse de leurs données plutôt que sur la gestion technique des ressources. Open OnDemand permet une gestion facile des fichiers, des soumissions de travaux et la possibilité d’utiliser des applications graphiques pour un travail en temps réel.

Comment y accéder ?
Les utilisateurs doivent disposer d’un compte sur l’infra IFB (IFB Core Cluster ou ABiMS). Une fois connectés, ils peuvent accéder à Open OnDemand directement via un navigateur web, sans installation complexe. Des tutoriels et ressources en ligne sont également disponibles.

Pour en savoir plus et accéder à Open OnDemand, rendez-vous sur le site de l’IFB ( documentation) ou d’ABiMS (documentation)

Les prochains RDV de JeBiF

-- Tables Ouvertes en Bioinfo

Nous avons le plaisir de vous annoncer que la prochaine TOBI (Tables Ouvertes en Bioinfo) se tiendra le mercredi 15 janvier à Paris. À cette occasion, nous accueillerons Nicolas Rascovan, expert en génomique ancienne, qui interviendra sur un sujet passionnant : l'étude de l'ADN ancien.

Les informations concernant le lieu de l'événement et le lien pour l'inscription seront communiquées très prochainement. Attention, les places seront limitées, alors n'oubliez pas de vous inscrire dès que les détails seront disponibles.

-- JeBiF PUBs

JeBiF et ses bénévoles vous ont donné rendez-vous dans deux villes pour un moment de convivialité avant les fêtes.

Après la table ronde du 29 novembre, JeBiF a organisé un JeBiF Pub à la Cité d'Ys à Rennes, permettant aux participants de prolonger les échanges dans un bar local et de créer des liens dans une atmosphère détendue. Le second événement a eu lieu à Clermont-Ferrand le 4 décembre, à "La Bamboche", offrant un cadre informel pour discuter de bioinformatique et échanger avec d'autres professionnels du domaine.

Le principe du JeBiF Pub est simple : offrir un moment convivial pour la communauté bioinformatique afin de discuter, échanger des idées, développer des contacts professionnels, ou tout simplement rencontrer d’autres bioinformaticiens de sa ville !

Au programme

Janvier

Février

Mars

Avril

Mai

Juin

Juillet