Bioinformations n° 37 - mars 2024
JOBIM 2024 : mini-symposium soutenu par l’IFB
Institut Français de Bioinformatique
Résultats du concours de visuels organisé par la SFBI
La SFBI a lancé un concours de visuels fin 2023 dans l’objectif de renouveler ceux présents sur les goodies SFBI, et notamment les tee-shirts. Nous avons reçu dix-sept visuels proposés par onze participant·e·s. Nous tenons à remercier chaleureusement l’ensemble des participant·e·s mais également Enora Gheslain et Riwan Brillet, bénévoles à la SFBI ayant participé à l’organisation de ce concours. Les membres du bureau de la SFBI ainsi qu’Enora et Riwan ont voté afin d’élire trois gagnant·e·s parmi l’ensemble des propositions. Les gagnant·e·s sont Elisabeth Hellec, Céline Chantry-Darmon et Cyprien Guérin. Chacun a donc gagné un lot de goodies SFBI avec son propre logo. Toutes nos félicitations ! Une boutique sera bientôt accessible sur Tunetoo afin que vous puissiez commander vos goodies SFBI et les recevoir où bon vous semble. Il sera a priori possible de les faire livrer de manière groupée pour les JOBIM 2024 à Toulouse. On vous donnera bientôt toutes les informations utiles.
Société Française de Bioinformatique
JeBiF présent au 1st ISCB-SC RSG community meeting
Nous avons assisté à la réunion du comité Regional Student Group (RSG) qui réunissait les responsables des RSG à l’international ! L'occasion de nous présenter et de présenter nos projets à venir !
Association des Jeunes Bioinformaticiens de France
Bilan des offres d’emplois et stages diffusées sur le site de la SFBI
L'une des missions que s'est donnée la SFBI est de mettre à disposition un système de publication des offres d'emploi, stage et thèse en bioinformatique principalement, mais également en statistiques, informatiques, mathématiques.
Pour l’année 2023, 866 annonces ont été postées:
429 offres s’adressaient aux étudiants pour des stages de niveaux BTS à M2, les stages de M2 représentant la majorité des offres étudiantes (256), ainsi que 102 thèses, et 42 contrats d’apprentissage.
437 offres d’emploi dont 22,2% à durée indéterminée. La majorité de ces offres (57,4%) s’adressaient aux candidat·e·s en ingénierie ( de AI à IR en passant par les autres postes en ingénierie du monde du privé), dont 80,5% en contrat court. Environ un tiers des offres étaient destinées aux chercheur·se·s et enseignant·e·s chercheur·se·s dont 11,7% pour des postes à durée indéterminée, et enfin 9,1% aux autres postes, dont 62,5% pour des postes à durée indéterminée.
En utilisant les mots clé de ces annonces pour réaliser un nuage de mots, on retrouve majoritairement le domaine de l’analyse de données séquences (méta-, épi-)génomiques et transcriptomiques et notamment via les technologies single-cell. Nous retrouvons également le développement de méthode dans les domaines du machine learning, de l'intelligence artificielle, du deep learning et de la modélisation (bio-)statistique.
D'un point de vue géographique, la majorité des annonces publiées concernent le territoire français (94% dont 2 en Guadeloupe, 2 à la Réunion et 1 en Polynésie Française), 40 de ces annonces concernent le territoire européen et 12 sont réparties ailleurs dans le monde. Plus précisément, en France, 40% des annonces concernent la région Île-de-France et 55,7% d'entre elles sont localisées à Paris. Environ 1/3 des offres se répartissent équitablement dans les régions Occitanie (15% dont 43,8% à Montpellier et 21,9% à Toulouse) et Auvergne-Rhône-Alpes (13,5% dont 48% à Lyon et 22% à Grenoble).
Vous trouverez sur le site de la SFBI un bilan plus détaillé des offres 2023.
Pour 2024, à la date du 29 février, 130 offres ont déjà été mises en ligne sur le site de la SFBI.
Nous espérons que chaque offre a trouvé et trouvera un candidat. Bonne recherche à tous.
Société Française de Bioinformatique
Le Hackathon JeBiF - Workshop à JOBIM 2024
L'association
des Jeunes Bioinformaticiens de France (RSG France - JeBiF) vous donne rendez-vous
le 24 juin 2024 pour son traditionnel workshop précédant JOBIM. Cette année, notre workshop prendra la forme d'un hackathon !
Il se destine en particulier aux jeunes membres de notre communauté. Nous vous en dirons plus dans les semaines à venir ! En attendant vous pouvez vous rendre sur la page dédiée à cet évènement sur notre site web.
N'hésitez pas à nous rejoindre sur notre salon Discord pour rester informé en temps réel de nos actualités : https://discord.gg/3fMKS72y.
Association des Jeunes Bioinformaticiens de France
GDR BIMMM, nouveau nom, nouvelle équipe de direction
Le GDR BIM (BioInformatique Moléculaire), soutenu par CNRS Sciences Informatiques, a été renouvelé pour la période 2024-2028. À cette occasion, il change de nom et s’appelle désormais BIMMM (avec trois « M »), pour « BioInformatique Moléculaire : Modélisation et Méthodologie ».
Ce changement insiste sur son ancrage sur les aspects fondamentaux, informatiques et mathématiques, de la recherche en bio-informatique. Ce renouvellement s’accompagne également de changements dans l’équipe de direction du GDR. Guillaume Fertin (PR LS2N Nantes) succède à Hélène Touzet (DR CNRS Lille) à la tête du GDR, et l’équipe de direction se renouvelle partiellement, composée de Céline Scornavacca (DR CNRS ISEM Montpellier), Elisabeth Remy (DR CNRS I2M Marseille) et Guillem Rigaill (DR INRAE LaMME Evry).
Le GDR BIMMM (de son nouveau nom) a pour but de structurer et d’animer la communauté de recherche en bio-informatique. Son champ scientifique couvre l’ensemble des approches informatiques et mathématiques pour le traitement de l’information liée aux molécules biologiques.
L’animation scientifique du GDR repose essentiellement sur les journées du GdR, organisées tous les deux ans (la dernière ayant eu lieu en Novembre 2023 à Lille), et sur les 6 Groupes de Travail thématiques (GT), (présentés dans ces pages) qui proposent des événements scientifiques au moins une fois par an en présentiel, et pour certains de façon régulière à distance
- GT AlPhy : Alignement et Phylogénie
- GT BIOSS : Biologie Systémique Symbolique
- GT LEGO : Machine Learning pour la Génomique
- GT MASIM : Structures et Interactions Macromoléculaires
- GT SeqBIM : Séquences en Bioinformatique, Informatique et Mathématiques
- GT StatOmique : Modélisation et analyse statistique de données omiques
Mais l’activité du GDR est bien plus large et prend de nombreuses formes: appels à animations, appels à ateliers (format inauguré en 2024), soutien à JOBIM, visites scientifiques, école du GDR (JC)2BIMMM, etc.
Focus sur (JC)2BIMMM : la troisième édition de l’école (JC)2BIMMM se tiendra du 10 au 14 juin à Forges-les-Eaux. Cette école de bioinformatique s’adresse aux jeunes chercheuses et chercheurs souhaitant renforcer leurs compétences sur les méthodes statistiques, algorithmiques et combinatoires pour l’analyse des grandes masses de données de séquences, telles que les données produites par séquençage à haut débit. Les inscriptions sont ouvertes jusqu’au 27 mars 2024.
Pour obtenir plus d’informations, n’hésitez pas à consulter le site web du GDR BIMMM (qui ne change pas d’adresse mais fera peau neuve prochainement) : https://www.gdr-bim.cnrs.fr/
Vous pouvez aussi rejoindre les GT qui vous intéressent en vous inscrivant via la plate-forme myGDR qui sert de portail unique.. Cela vous permettra d’être informé(e) de leurs actualités, et vous aiderez également à promouvoir la visibilité de notre GDR. Pour cela, connectez-vous simplement à la page suivante : https://mygdr.hosted.lip6.fr
Enfin, n’hésitez pas à nous contacter (équipe de direction) si vous avez des idées à nous suggérer (ex : fonctionnement du GDR, aspects scientifiques), et si vous voulez contribuer à la vie du GDR, qu’il s’agisse d’une contribution ponctuelle ou dans la durée.
GDR Bioinformatique Moléculaire
Formez-vous à l’analyse de données single-cell !
Elle était attendue de longue date ! La 5ème édition de l’école SincellTE va avoir lieu du 20 au 25 octobre 2024 à Roscoff. Cette école forme des bioinformaticien·nes à l’analyse de données de transcriptomique en cellule unique, en incluant la transcriptomique spatiale. Nouveautés de cette édition : le séquençage en lectures longues, les aspects FAIR pour l’accès aux données et au code, et une ouverture à l’intelligence artificielle appliquée à l’analyse de données en cellule unique. Cette nouvelle édition est portée par l’IFB, en partenariat avec l’Institut Pasteur. Date limite de demande d’inscription : 7 mai 2024.
N’attendez pas pour vous inscrire, et découvrir le programme concocté par l’équipe d'organisation, c’est par ici : Infos et s'inscrire.
Institut Français de Bioinformatique
Les bioinformaticiens voyagent et partagent leurs compétences
Comme vous le savez sans doute la SFBI propose des bourses de voyage pour soutenir vos participations à des congrès ou des formations. En 2023, la SFBI a subventionné 14 bourses de voyage pour un total d'environ 5.8k€. Cette année, la conférence JOBIM ayant eu lieu en mode multi-sites et en distanciel, nous avons eu moins de demande de bourses. Durant cette conférence, 4 orateurs ont également reçu des prix financés par la SFBI. D'autres bénéficiaires ont également participé à la conférence SMPGD (Statistical Methods for Post Genomic Data) en Belgique ou encore EMBO Practical Cours Computational molecular evolution en Grèce. Chaque participant a pu partager les résultats de leur travaux devant différentes communautés.
Par ailleurs, la SFBI soutient également l'organisation d'évènements autour de la bioinformatique. Comme chaque année, cela a été le cas pour des Montpellier Omics Days organisés par les étudiants de l'université de Montpellier. La SFBI a également soutenu la 1ère édition du PhD Symposium de l'Institut de Génétique et Développement de Rennes mais aussi le symposium scientifique international Imaging life: the future à Montpellier.
Si vous aussi vous avez des envies de voyage, ou d'organisation d'évènements, n'hésitez pas à nous contacter, nous pourrions bien vous soutenir.
Société Française de Bioinformatique
Les JeBiF Pubs
Les JeBiF Pubs a venir
Les derniers JeBiF Pubs
Toulouse le 1er mars au Dubliners, 24 av. Marcel Langer. Une dizaine de bioinformaticiens se sont rassemblés !
Paris le 20 février au bar No Scrum, No Win. Une vingtaine de jeunes bioinformaticiens (étudiants, doctorants, post-doctorants, ingénieurs, titulaires) étaient présents pour discuter de bioinformatique !
Il n'y a pas de JeBiF Pubs dans votre ville ?
Dans ce cas, n'hésitez pas à rejoindre notre Discord ou à nous contacter : https://jebif.fr/contact/.
Association des Jeunes Bioinformaticiens de France
Au programme
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Société Française de Bioinformatique
