Bioinformations n° 34 - juin 2023

Les JeBiF Pub font leur grand retour

Après 3 ans d’absence due à la pandémie, les JeBiF Pub font leur grand retour !

Petit rappel : les JeBiF Pub sont des rencontres IRL entre bioinformaticiens d’une ville ou d’une région autour d’un verre.

Rendez-vous le 27 juin à Paris, Brest, Nancy, Montpellier et Nice pour ce grand retour.

Toutes les infos sur notre site web : https://jebif.fr/2023/06/jebif-pub-jobim-2023/.

Vous voulez organiser un JeBiF Pub dans votre ville ? C’est très simple, réservez quelques tables dans un bar et envoyez nous la date, l’heure et le lieu. On s’occupe du reste !

JOBIM c'est demain, en métropole, dans les DOM-TOM et même sur le web !

Discord bioinfo-fr : essai transformé !

Il y a bientôt un an nous vous annoncions ici-même en avant première mondiale la création d'un serveur Discord consacré au partage autour de la bioinformatique francophone.

Né d'une volonté de moderniser le canal IRC historique de bioinfo-fr (toujours en vie pour les irréductibles), nous souhaitions réunir toutes les générations en un seul et même lieu.

Celui-ci se devait d'être simple d'utilisation et facilement accessible par le plus grand nombre d'entre-nous.

Nous sommes aujourd'hui 700 professionel(le)s, étudiant(e)s ou simples curieux(ses) à échanger sur nos thématiques bioinfo au quotidien.

Nous considérons que le but est atteint et nous invitons tous les retardataires à ne plus attendre !

C'est par ici que ça se passe : https://bioinfo-fr.net/discord

Enfin, pour celles et ceux qui seraient effrayé(e)s d'appréhender un nouveau moyen de communication, nous vous en expliquons les grandes lignes dans cet article introductif.

A tout de suite sur Discord !

Deux nouvelles illustrations des métiers de la bioinformatique

Nous enrichissons notre panel d'illustrations des métiers de la bioinformatique en vous proposant deux nouveaux entretiens :

• Sandra Dérozier (membre du bureau de la SFBI, élue en 2022) est une ingénieure d'étude en ingénierie logicielle qui travaille à INRAE Jouy-en-Josas depuis 2010 dans l'unité MaIAGE. Ses activités sont variées, entre développement de chaînes de traitement, mise à disposition et maintien de bases de données ou encore implémentation d'outils de visualisation pour permettre aux chercheurs d'explorer leurs données (voir l'article) ;
• Laetitia Bourgeade, ingénieure de recherche hospitalier en bioinformatique, et Claudio Plaisant, ingénieur hospitalier en biologie, tous deux au CHU de Bordeaux dans le service biologie génétique nous parlent de leur collaboration pour l’analyse de données de séquences dans un contexte de diagnostic de maladie génétique. Ils nous rappellent l’importance de travailler dans une démarche FAIR et nous montrent qu’en bioinformatique aussi une démarche de qualité peut être mise en place (voir l'article).

Bioinformaticien(ne) : un mélange de dev, de data truc et d'IA !

Ce n'est pas un secret : quand on fait de la bioinformatique, on sait qu'on risque de toucher à plus d'une spécialité.

Pour notre côté développeur/développeuse, on ne peut que vous conseiller de documenter un maximum vos scripts et applications. En effet, qui ne s'est jamais retrouvé à maudire sur des générations la personne ayant codé le bout de code dont il/elle vient d'hériter car codé avec les pieds et sans explications aucunes ?

Ce genre de mésaventures ne devraient plus exister après que vous ayez tous lu ce joli billet qui nous explique comment créer de la documentation simplement et surtout automatiquement avec l'aide de l'intégration continue (CI) de Gitlab ! 

D'ailleurs, quand vous vous définissez comme bioinformaticien(ne), est-ce qu'il ne vous arrive pas de vous demander si vous pourriez aussi vous vendre comme un/une data scientist ? Ce terme parle peut-être à plus de personnes et ne vous enterre pas dans une seule spécialité. Vous n'êtes pas convaincu(e) ? Alors nous vous conseillons la lecture de cet excellent article, vous nous en direz des nouvelles !

Et puis l'intelligence artificielle dans tout ça ?! Tout le monde en parle en ce moment ! Pourquoi on n'aurait pas le droit à notre dose d'IA nous pauvres bioinfos ? C'est bien parce que vous avez tous été supers gentils qu'on vous propose de découvrir cet exemple de premier pas vers l'IA en bioinformatique. Bonne découverte et bel été à toutes et tous ! 

La communauté bioinformatique française représentée à ISMB/ECCB2023 à Lyon !

La conférence internationale ISMB/ECCB pose ses valises en France cette année ! En effet, elle aura lieu du 23 au 27 juillet au Centre de conférences de Lyon. La communauté française de Bioinformatique a pris part de manière active dans l'organisation de cette conférence. En effet, la SFBI est représentée dans le comité de pilotage par notre présidente, Anna-Sophie Fiston-Lavier.

Une session dédiée à la Bioinformatique en France est également organisée par la SFBI via Anna-Sophie Fiston-Lavier et Sandra Dérozier, en collaboration avec Marie-France Sagot et Guy Perrière. Elle aura lieu le 25 juillet après-midi. Vous retrouverez toutes les informations utiles (programme, invités, ...) sur la page dédiée de notre site web.

Nous espérons vous y voir nombreux !

Workshop JeBiF @ JOBIM 2023

JeBiF vous donne rendez-vous pour son workshop annuel juste avant JOBIM 2023 ! Celui-ci aura lieu le 26 juin prochain en distanciel.


Deux thématiques au programme de ce workshop : "construire sa carrière en bioinformatique" et "la reproductibilité en bioinformatique".


Toutes les infos sur notre site web : https://jebif.fr/evenements/jebif-workshop/jobim-2023-distanciel/.

Au programme

Juillet

- 23-27: Intelligence Systems for Molecular Biology / European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2023), Lyon, France
- 24-27 : 9th Metabolic Pathway Analysis (MPA) International Conference, Seoul, Republic of Korea

Aout

- 28-30: 26th Prague Stringology Conference, Prague, Czech Republic

Septembre

- 03-06 : Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) 2023, Houston, US
- 03-06 : 14th ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics (ACM BCB) colocated with WABI, Houston, US
- 13-15 : 21st Conference on Computational Methods in Systems Biology (CMSB 2023), Luxembourg City, - Luxembourg
- 25-26 :  Kipoi-summit: New horizons in Computational Regulatory Genomics, summit of Zugspitze, Germany's highest mountain

Octobre

- 08-13 : ECAS-SFdS school about Random Forests, Fréjus, France

Novembre

- 01-04 : International Conference on Metaheuristics and Nature Inspired Computing (META'2023), Marrakech, Morocco
- 20-22 : 9ème congrès de la Société Française de Médecine Prédictive et Personnalisée (SFMPP): Innovation en santé - GÉNOMIQUE - ONCOGÉNOMIQUE - IA, Paris, France
- 20 : Conférence Données, Omiques, Médecine de précision et Empowerment! (DOME) en parallèle du congrès 2023 de la SFMPP, Paris, France
- 28-30 : 12 th International Conference on Complex Networks & Their Applications, French Riviera, France

Décembre

- 05-08 : IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (IEEE BIBM 2023), Istanbul, Turkey