Bioinformations n° 33 - mars 2023

Présentation

Les groupes de travail du GDR BIM - suite

Lors des précédents numéros des Bioinformations (numéros 31 et 32), nous vous présentions les groupes de travail Alphy, BIOSS, SeqBIM et StatOmique du GDR BIM. A cette liste vient s’ajouter le groupe LEGO, créé en décembre 2022 et mis à l’honneur dans ce numéro. Rappelons que tous les groupes sont ouverts à la communauté : il suffit de s’inscrire aux événements. La liste complète est disponible ici.

Qu’est-ce que LEGO ? Le nom est un raccourci pour “machine learning pour la génomique”. De nombreux domaines scientifiques ont bénéficié de la montée en puissance du machine learning et du deep learning au cours de la dernière décennie. La bioinformatique et la génomique ne font pas exception. On peut ainsi citer les applications en génomique fonctionnelle, pour prédire et comprendre la régulation des gènes à partir de leur séquence, ou en bioinformatique structurale pour inférer les structures et fonctions des protéines à partir de leur séquence. À une échelle supérieure, une application importante est la médecine de précision. Il peut s'agir par exemple d'analyser et classifier des tumeurs à partir de leurs caractérisations omiques et établir des diagnostics personnalisés à partir des mutations d’un patient. On peut aussi citer les efforts de recherche pour la prédiction et l'analyse des résistances microbiennes, pour l’analyse des données de séquençage de cellule unique et dans le contexte applicatif de la chémogénomique pour le développement efficace de candidats-médicaments. Au-delà des aspects fonctionnels, le machine learning a également trouvé des applications en génomique environnementale et en génomique évolutive : reconstruction d’inventaires taxonomiques à partir de données métagénomiques, estimation de paramètres de processus évolutifs faciles à simuler mais difficile à reconstruire par des méthodes inspirées de l’ABC (Approximate Bayesian Computation). Ces approches ont connu d'importants succès en génétique des populations, en phylogénie et en phylodynamique.

Le domaine est donc très riche et pose d’importants défis méthodologiques. La communauté française de recherche est active mais dispersée au sein d'équipes s’affichant sur d’autres domaines : statistique, algorithmique, bioinformatique, etc. L'objet du groupe de travail LEGO est ainsi de faciliter les échanges au sein de cette communauté, de favoriser les collaborations et de permettre le suivi des progrès effectués par les équipes participantes.

LEGO organise sa première journée de rencontre le mercredi 31 mai à Sorbonne Université. N’hésitez pas à noter la date dès aujourd’hui.

Site Web http://gt-lego.cnrs.fr/

GDR Bioinformatique Moléculaire
Divers

Les bioinformaticiens voyagent et partagent leurs compétences

Comme vous le savez sans doute la SFBI propose des bourses de voyage pour soutenir vos participations à des congrès ou des formations. En 2022, la SFBI a subventionné 23 bourses de voyage pour un total d'environ 8.5k€. La conférence JOBIM à Rennes est évidemment la conférence pour laquelle la SFBI a soutenu le plus de participants. Durant cette conférence 3 orateurs ont également reçu des prix financés par la SFBI. D'autres bénéficiaires ont également participé à la conférence PEQG (Population, Evolutionary, and Quantitative Genetics) à Pacific Grove ou encore ECCB (European Conference on Computational Biology) à Barcelone. Chaque participant a pu partager les résultats de leur travaux devant différentes communautés.

Par ailleurs, la SFBI soutient également l'organisation d'évènements autour de la bioinformatique. Comme chaque année, cela a été le cas pour des Montpellier Omics Days organisés par les étudiants de l'université de Montpellier.

Si vous aussi vous avez des envies de voyage, ou d'organisation d'évènements, n'hésitez pas à nous contacter, nous pourrions bien vous soutenir.

Société Française de Bioinformatique
Présentation

Bilan des offres d’emplois et stages diffusées sur le site de la SFBI

L'une des missions que s'est donnée la SFBI est de mettre à disposition un système de publication des offres d'emploi, stage et thèse en bioinformatique principalement, mais également en statistiques, informatiques, mathématiques.

Pour l’année 2022, 1044 annonces ont été postées:

  •  502 offres s’adressaient aux étudiants pour des stages de niveaux BTS à M2, les stages de M2 représentant la majorité des offres étudiantes (301), ainsi que 68 thèses, et 99 contrats d’apprentissage.
  • 542 offres d’emploi dont 32.7% à durée indéterminée. Ces offres s’adressaient aux candidats en ingénierie ( de AI à IR en passant par les autres postes en ingénierie du monde du privé) pour 63% des offres en contrat court, et 52% en contrat à durée indéterminé, 32.6% et 11 % aux chercheurs et enseignant chercheur, et 5% et 36% aux autres postes.


En utilisant les mots clé de ces annonces pour réaliser un nuage de mot, on retrouve majoritairement le domaine de l’analyse de données séquences (méta-, épi-)génomiques et transcriptomiques et notamment via les technologies single-cell. Nous retrouvons également le développement de méthode dans les domaines du machine learning, de intelligence artificielle, du deep learning et de la modélisation (bio-)statistique.

D'un point de vue géographique, la majorité des annonces publiées concernent le territoire français (94% dont 2 en Guadeloupe), 49 de ces annonces concernent le territoire européen et 15 sont réparties ailleurs dans le monde. Plus précisément, en France, 42% des annonces concernent la région Île-de-France et 64% d'entre elles sont localisées à Paris. Environ 1/3 des offres se répartissent équitablement dans les régions Occitanie (17% dont 41% à Montpellier et 21% à Toulouse) et Auvergne-Rhône-Alpes (15% dont 63% à Lyon et 12% à Grenoble).

Vous trouverez sur le site de la SFBI un bilan plus détaillé des offres 2022.

Pour 2023, à la date du 21 février, 124 offres ont déjà été mises en ligne sur le site de la SFBI.

Nous espérons que chaque offre a trouvé et trouvera un candidat. Bonne recherche à tous.

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