Bioinformations n° 32 - décembre 2022

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Trois nouvelles illustrations des métiers de la bioinformatique

A l’occasion de la bioinformation n° 30, nous avons publié sur le site de la SFBI deux premières interviews de bioinformaticiennes et d’un de leurs collaborateurs (biologiste ou informaticien). Le but est d’illustrer la diversité des métiers de la bioinformatique tant au niveau du domaine scientifique, que du type de poste ou encore des structures d’accueil. Nous venons de publier trois nouvelles illustrations de trois membres du bureau de la SFBI :

  • Anna-Sophie Fiston-Lavier est maîtresse de conférence au sein de l'Université de Montpellier et effectue ses recherches à l’Institut des Sciences de l’Evolution de Montpellier (ISEM). Son temps se partage entre l'enseignement avec un attrait pour l'innovation pédagogique, et le développement de méthodes pour étudier l'impact de la dynamique d'insertion et délétion des éléments transposables dans les génomes. 

  • Erwan Corre est responsable de la plateforme Analysis and Bioinformatics for Marine Science (ABiMS) de Roscoff. Il est impliqué dans le pilotage et le développement de l'infrastructure informatique de la plateforme pour anticiper et répondre aux besoins locaux mais aussi nationaux. Il est également bio-analyste et accompagne des biologistes dans leurs projets d'étude des organismes et environnements marins pour lesquels ils produisent des données (méta)-génomique/transcriptomique.

  • Matthias Zytnicki est chercheur en informatique à INRAE Toulouse. Il partage son temps entre l'équipe Statistiques et Algorithmique pour la Biologie (SaAB) et la plateforme GenoToul-Bioinfo. Au travers de ses collaborations avec les biologistes, il tente d'identifier des questions pour lesquelles il n'y a pas de solutions informatiques et développe des outils qui s'adresseraient au plus grand nombre.


Bonne lecture à vous, et si vous êtes intéressés par la diffusion de votre vision sur votre métier, n’hésitez pas à nous contacter.

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Présentation

Les groupes de travail du GDR BIM - suite

Lors du précédent numéro des Bioinformations (numéro 31 septembre 2022), nous vous présentions deux des six groupes de travail du GDR BIM : Statomique et SeqBIM. Aujourd'hui, nous poursuivons le focus avec les groupes de travail ALPHY et BIOSS. Rappelons que ces groupes sont ouverts à toute la communauté : il suffit de s’inscrire aux événements pour y participer. La liste complète est disponible ici.


ALPHY est dédié à la génomique évolutive : ALPHY = ALignement + PHYlogénie. Alphy a démarré en 1995 et permet, depuis 25 ans, à la communauté de se rencontrer et de présenter ses travaux dans le domaine de l’évolution moléculaire, de la modélisation des séquences, de la génomique des populations, de la reconstruction de  l’histoire évolutive du vivant, etc. L’explosion des techniques de séquençage, des capacités de calculs et l’accumulation de données a permis des avancées spectaculaires et des changements d’échelle dans notre compréhension de l’organisation, du fonctionnement et de l’évolution des génomes, et dans nos connaissances sur l’histoire évolutive du vivant, à toutes les échelles de temps. La génomique évolutive, initialement focalisée sur l’étude des divergences entre espèces (phylogénomique), s’est ainsi progressivement étendue à l’analyse de la diversité intra-spécifique (génomique des populations). Ces avancées reposent sur des développements bioinformatiques pour tirer le meilleur parti des progrès des techniques de séquençage ainsi que sur des développements théoriques en évolution moléculaire et génétique des populations.

 

L’ambition d’ALPHY, depuis son origine, est de favoriser les échanges informels dans un champ fortement interdisciplinaire, et, notamment, de permettre aux jeunes chercheurs du domaine de s’exprimer. Chaque année, ALPHY organise ses journées annuelles, qui regroupent entre 100 et 150 participants sur 2 ou 3 jours.

 

Prochaine rencontre : du 23 au 25 janvier 2023 à Grenoble, https://alphy-aiem-2023.sciencesconf.org/ 


Le groupe de travail BIOSS a pour thème la BIOlogie Systémique Symbolique, avec les  méthodes et outils autour de la modélisation des systèmes biologiques. Les intérêts de BIOSS sont à la frontière de l’informatique fondamentale, des mathématiques discrètes et de la biologie moléculaire, avec des applications liées à la santé. A ce titre, le groupe de travail appartient à la fois au GDR BIM et au GDR IM (Informatique Mathématique).


Les contributions incluent des travaux liés à une meilleure compréhension du fonctionnement des systèmes biologiques en permettant de les étudier et de les manipuler in silico. L’objectif est de prédire des comportements cellulaires tout en prenant en compte les multiples échelles spatiales et temporelles qui dépendent des interactions entre gènes, protéines, métabolites, cellules ou populations. Parmi les principales questions on peut citer : En quoi les systèmes biologiques sont-ils formalisables ? Quels nouveaux mécanismes de transmission d’information sont-ils à l'œuvre en biologie moléculaire et cellulaire ? Mais également, qu’est-ce que l’informatique peut apporter à la biologie, au-delà des approches de modélisation numérique ?


BIOSS comprend 233 participants venant de 40 équipes différentes. La communauté BIOSS se réunit via des séminaires virtuels mensuels, chaque premier vendredi du mois, et deux journées annuelles : la journée du GT, qui s’est tenue le 17 novembre dernier, et une journée thématique, dont la prochaine se tiendra en juillet 2023 à Marseille.


Site web : https://www.bioss-cnrs.fr/

GDR Bioinformatique Moléculaire
Divers

Adhésion à la SFBI, et catalogue des laboratoires bioinfo-friendly

En cette fin d’année, la SFBI ouvre ses adhésions pour l’année 2023. Il vous est possible de soutenir notre association par une adhésion individuelle ou personne morale. Pour cela le site web évolue et tout se gère en ligne via votre compte utilisateur. Ces adhésions nous permettent de financer des prix, des déplacements, et soutenir des évènements autour de la bioinformatique. 


À cette occasion, nous lançons une première initiative pour répertorier les laboratoires d’accueil des bioinformaticien·ne·s. Ainsi au moment d’adhérer nous vous demanderons de renseigner votre / vos affiliations. Prenez le temps de rechercher parmi celles déjà enregistrées pour tout simplement vous intégrer à celles-ci. Cette base de données nous permettra de visualiser géographiquement les laboratoires accueillant des bioinformaticien·ne·s, et éventuellement de faire quelques statistiques sur les tutelles. À terme, nous aimerions pouvoir suivre quels laboratoires proposent de nouveaux emplois et visualiser l’évolution au cours du temps. À noter que vous avez également la possibilité de renseigner ces informations sans adhérer via votre profil utilisateur sur notre site web. Alors si cette initiative vous intéresse, n’hésitez pas à renseigner votre affiliation. 

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Retour sur l’assemblée générale 2022

Le 28 novembre 2022 a eu lieu l’Assemblée Générale Ordinaire annuelle de JeBiF. À cette occasion, les adhérents de l’association ont voté pour renouveler le conseil d’administration, qui  se compose désormais comme suit : 

  • Sarah Guinchard – ingénieure d’étude à Bilille (Lille), présidente

  • Sébastien Gradit – chercheur junior à l’institut Pasteur (Paris), vice-président

  • Julien Fumey – ingénieur de recherche à l’institut Pasteur (Paris), trésorier

  • Klaus von Grafenstein – ingénieur·e d’étude à l’Irset (Rennes) vice-trésorier·e

  • Maëla Sémery – ingénieure d’étude à IPS2 (Paris), secrétaire générale

  • Maher Tantouch – étudiant en Master 1 BIM (Paris)


Nous souhaitons la bienvenue à Sébastien, Maëla et Maher qui font leur arrivée dans le conseil d’administration, et un bon retour à Julien. Nous remercions également les membres sortants Victor, Emma, Slim, Xavier et Mathias pour leurs actions, et nous leur souhaitons une bonne continuation.

Association des Jeunes Bioinformaticiens de France
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