Bioinformations n° 30 - juin 2022

Évolution du site web de la SFBI.

Du côté de la SFBI, le site web évolue avec de nouvelles rubriques et un nouveau format pour vous présenter les différents aspects des métiers de la bioinformatique (voir la rubrique). Nous vous proposons des interviews d’un.e  bioinformaticien.ne et d’un.e collaborateur/collaboratrice ayant un domaine d’activité différent (biologiste, informaticien.ne), autour de leur expérience sur un projet commun.

Nous commençons notre série avec deux interviews: 

• Stéphanie Le Gras, ingénieure bioinformaticienne sur la plateforme GenomEast, et Christophe Papin, biologiste chargé de recherche dans l’équipe chromatine et régulation épigénétique, tous deux à l’IGBMC de Strasbourg. Ils partagent avec nous leur retour sur un collaboration de long terme basée sur un apprentissage réciproque des problématiques, faisant avancer les expertises de chacun et aboutissant ainsi à des résultats scientifiques de plus en plus aboutis (voir l’article).

• Patricia Thébaut, maître de conférence en bioinformatique, et Romain Bourqui, maître de conférence en informatique, tous deux à l’université de Bordeaux et membre du laboratoire LaBRI. Ils retracent le parcours de leur collaboration en commençant par l’apprentissage d’un langage commun entre biologie, bioinformatique d’une part et informatique d’autre part, jusqu’au développement d’un logiciel de visualisation pour l’analyse des interactions entre ARN (voir l’article).

  
  

Si vous souhaitez illustrer votre propre parcours/contexte de travail, n’hésitez pas à nous contacter. 

L’IFB devient Centre Référence Thématique Science Ouverte

Lors du lancement du deuxième Plan national pour la science ouverte, il a été annoncée la création de Recherche Data Gouv :  la plateforme nationale fédérée des données de la recherche, dont le fonctionnement s’appuiera sur des centres de référence thématique en science ouverte (CRTSO). Dans ce cadre, il a été demandé à l’IFB d’assumer en tant qu’infrastructure de recherche, le rôle de CRTSO pour le domaine Biologie-Santé. 

Un CRTSO a pour objectif de proposer un référentiel d’outils, de bonnes pratiques, de vocabulaires afin d’accompagner et mettre en œuvre la FAIRisation des données de la recherche, et la science ouverte en général. Cela inclut, de fait, une mission d’animation des communautés scientifiques, complétée par une mission de conception et d’innovation. 

L’IFB est actuellement à l'œuvre pour coordonner ses actions et structurer son fonctionnement en tant que CRTSO Biologie-Santé. Au-delà de l’inventaire et de la somme d’initiative en Science Ouverte, déjà en place ou en projet à l’IFB, il semble important de construire ensemble une offre de services cohérente pour l’ensemble de la communauté.

Recrutement + Fête de la Science

JeBiF cherche du sang neuf pour la prochaine mandature ! Vous êtes jeune bioinformaticien·ne, en étude de Master, ou bien en doctorat, jeune ingénieur·e ou même juste motivé·e à partager une aventure humaine au service de la communauté bioinformatique ?

Rejoignez l’équipe des Jeunes Bioinformaticien·ne.s de France. L’an prochain s’annonce palpitant avec un retour de la Fête de la Science en présentiel. Il s’agit d’une grande opération de vulgarisation qui se déroulera du 7 au 17 octobre 2022 partout en France, et donc une bonne occasion de présenter nos métiers et nos domaines d’étude au grand public.

Pour faire partie de cette aventure, et de bien d’autres, envoyez-nous un mail à contact@jebif.fr !

Les voyages forment la jeunesse

Après plusieurs mois de disette en termes de voyages, il est de nouveau possible de sillonner les routes et de rencontrer ses collègues.

A cet effet, le GDR BIM propose un programme de soutien pour des visites de recherche.  Les conditions sont les suivantes:

• le séjour doit durer de 1 à 2 semaines;

• la mission se fait entre deux équipes de recherche dont les thématiques scientifiques sont complémentaires;

• le programme s'adresse prioritairement aux doctorant.es et aux postdocs.

Le GDR peut alors prendre en charge la totalité de la mission (voyage+logement).

L’objectif est de stimuler la mise en place de nouvelles collaborations pluridisciplinaires, le transfert de compétences, le partage des données…

Toutes les informations et les modalités de candidature sont disponibles sur le site:

https://www.gdr-bim.cnrs.fr/programme-de-visites-scientifiques. 

Résultats de l’enquête sur l’usage et les besoins en ressources bioinformatique.

L'Institut Français de Bioinformatique (IFB) publie les résultats de son enquête auprès des communautés des sciences de la vie et de la bioinformatique. 

L’objectif principal de cette enquête était d’orienter les actions de l’IFB vers les attentes réelles des communautés d’utilisateurs. Elle visait à mesurer l’évolution des besoins des communautés des sciences de la vie. Ce rapport aborde donc plusieurs sujets, dont:

• Augmentation exponentielle des besoins de stockage et de calcul

• Besoin croissant d’aptitudes et de compétences en bioinformatique

• Utilisation de ressources logicielles spécifiques évoluant rapidement

• Accès à des bases de données spécialisées

• Besoin de maîtriser l’ensemble de la chaîne de traitement pour garantir l’ouverture et la reproductibilité des résultats (Plan de Gestion des Données, workflows, environnements logiciels)

Aller voir le rapport d’enquête.

Quoi de neuf du côté de la SFBI et de JOBIM

L’année 2021 a marqué la reprise des conférences et le plaisir de pouvoir enfin se retrouver autour de posters, de pauses café et d'événements sociaux. Comme vous le savez déjà, les dates de cette édition de JOBIM ont été reculées du 5 au 8 juillet et la conférence aura lieu à Rennes sur le campus de Beaulieu de l’Université de Rennes. Toutes les infos sont disponibles sur le site de JOBIM : https://jobim2022.sciencesconf.org.

L’AG aura lieu le 6 Juillet et sera comme chaque année, le moment de remplacer ⅓ du bureau. Si vous souhaitez nous rejoindre, n’hésitez pas à vous faire connaître.

N’oubliez pas vos adhésions 2022 à la SFBI pour bénéficier du tarif préférentiel.

Discord bioinfo-fr : let's go !

Depuis 1 mois maintenant la communauté bioinfo-fr s'est lancée dans un beta-test d'un serveur Discord en plus de son canal IRC déjà existant depuis maintenant une dizaine d'année (explications rapides autour d’IRC). 

Nous profitons des Bioinformations pour agrandir la population des beta-testeurs de ce nouveau moyen d'échange.

L'idées derrière l'utilisation de Discord est de :

• s'ouvrir à un plus large public, IRC n'étant peut être pas l'outil le plus accessible du monde pour les non-initié(e)s

• faciliter l'entraide dans la rédaction d'articles sur le blog

• proposer un lieu d'entraide sur les soucis bioinfo, véritable coeur et origine de bionfo-fr.net. De multiples canaux sont disponibles pour cela !

• donner accès à cette communauté active et réactive de tous horizons bioinfo comme en témoignent les auto-rôles que vous pourrez prendre

N'en jetons plus, pour rejoindre ce nouveau canal de communication c'est sur ce lien qu'il faudra cliquer :

→ https://discord.gg/rETCvGftJK ←

La fin officielle de la période de beta-test sera en septembre, nous nous laissons les mois d'été pour étaler nos cyber-serviettes de plage sur Discord et pour l'éprouver à fond grâce à votre aide !

Un article d'explication du monde de Discord et de son utilisation suivra à la rentrée sur bioinfo-fr.net.

Bel été à toutes et tous !

Kickathon MUDIS4LS

En avril dernier, l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) a organisé, à Lyon, un événement spécial de deux jours à l’occasion du lancement officiel du programme MUDIS4LS. Soutenu dans le cadre de la stratégie française “Equipements Structurants pour la Recherche” (ESR/Equipex+), ce projet vise à construire des espaces numériques partagés pour les sciences de la vie et de la santé.

La formule “Kickathon” est originale car elle combine une réunion officielle de lancement KICKoff - avec des  représentants officiels des partenaires scientifiques et des institutions de soutien- et un hackATHON - destiné à stimuler les premières réalisations concrètes du programme. Ce Kickathon a  rassemblé 67 personnes sur place et 29 participations en visioconférence. 

Au cours de la première demi-journée, les représentants du Ministère français de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI), du CNRS, et de l’ANR, ont élaboré le positionnement stratégique du programme, les considérations administratives auxquelles MUDIS4LS devra se conformer et réaffirmé leur soutien (y compris des postes permanents).

Trois demi-journées ont ensuite été consacrées à des sessions de travail intensives sur l’élaboration d’un premier plan de gestion des données (DMP) exploitable par machine pour le projet MUDIS4LS, la gestion efficace des métadonnées scientifiques et le courtage de données, la définition d’un guide d’achat pour le matériel informatique, le traitement des données de santé sensibles, etc.. Outre le fait d’apprendre à se connaître, l’objectif était d’entamer des réflexions à partir des grands axes de développement proposés, de discuter  des mises en œuvre définis dans la proposition. des moyens pour surmonter les obstacles techniques, de  lancer des PoC (Proof of Concept), et d’initier voire produire des livrables. Les sujets suivants ont notamment été abordés : 

Cet événement a permis de mettre en exergue, d’une part, la complexité et la richesse de MUDIS4LS et, d’autre part, l’effet levier attendu tant sur la feuille de route générale de l’IFB que sur d’autres projets phares de l’Infrastructure (ABRomics, EMERGEN, la coordination européenne avec ELIXIR, etc). 

Au programme

Pour ce second semestre 2022, quelques évènements sont programmés en ligne ou en présentiel, à vos calendriers:

JUIN 2022

• 26-30/06: Mathematical and Computational Evolutionary Biology (MCEB) 2022, Château d'Oex, Suisse, https://mceb2022.sciencesconf.org/ 

• 28/06 :Journée animation scientifique RNA-seq PLBS, Lille, France, https://ums-plbs.univ-lille.fr/rna-seq

• 29/06 - 01/07: IA et Santé : approches interdisciplinaires, Nantes, France: https://www.lebesgue.fr/fr/conf_IA_sante2022/programme 

JUILLET 2022

• 11-12/07 : 4e symposium du GDR MADICS. Lyon, France: https://www.madics.fr/ 

• 11-14/07: 2022 Meeting of the International Society of Quantum Biology and Pharmacology (ISQBP),  Innsbruck, Austria: https://isqbp2022.org 

• 18-20/07 : International Conference on Optimization and Learning OLA'2022. Syracuse, Italy: http://ola2022.sciencesconf.org 

AOUT 2022

• 29-30/08 : AgroHackathon : évaluation du niveau FAIR de vos ressources, Montpellier, France. Lien et inscription à venir.

SEPTEMBRE 2022

• 5-7/09: WABI 2022 co-located with ALGO 2022, Potsdam, Allemagne: https://algo2022.eu/wabi/ 

• 5-9/09: Formation sur la caractérisation de la biodiversité taxonomique d’écosystèmes, Carry le Rouet, France : https://anfmetabiodiv.mio.osupytheas.fr/ 

• 12-21/09 : 21st European Conference on Computational Biology (ECCB), submission still opened :  https://eccb2022.org/ 

• 13/09: ECML-PKDD 2022 workshop on machine learning for microbial genomics, virtuel: https://mlmg2022.github.io/ 

• 14-15/09: "Tailoring RNA recognition motifs to RNA (and back)” conference, Valencia, Spain, http://rnact.eu/FinalConference/ 

• 14-16/09: The 20th conference on Computational Methods in Systems Biology CMSB 2022. Bucharest Romania: https://fmi.unibuc.ro/en/ 

• 21-23/09: 18th conference of the EUCARPIA Section "Biometrics in Plant Breeding”, Paris-Saclais, France: https://eucarpiabiom22.sciencesconf.org/ 

OCTOBRE 2022

• 17-18/10 : conference "A complex systems approach to cancer understanding",  Lyon, France:  https://compsyscan22.sciencesconf.org/ 

• 31/10-01-02/11: The 15th (since 1994) Biennial International Conference on Artificial Evolution, Exeter, England: https://ea2022.inria.fr/ 

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