Bioinformations n° 29 - mars 2022

Exclusivité

Mise en production de l’outil FAIR-Checker

L’équipe Interopérabilité de l’IFB/ELIXIR-FR vient de publier FAIR-Checker (https://fair-checker.france-bioinformatique.fr) un outil web facilitant la remontée d’indicateurs FAIR pour les ressources numériques, et fournissant aux scientifiques des moyens pour progresser dans la “FAIRification” de leurs ressources numériques. 

La production massive de données scientifiques ces dernières années soulève le besoin critique de mieux partager et réutiliser les ressources scientifiques numériques (jeux de données, outils ou workflows, supports de formation, littérature scientifique). À cette fin, les principes FAIR ont été récemment proposés - et sont en cours d’adoption par de nombreuses communautés - pour répondre aux enjeux des sciences plus ouvertes, reproductibles et cumulatives. Cependant, évaluer dans quelle mesure une ressource est FAIR est aujourd'hui un défi : les questionnaires nécessitent un temps précieux, et les évaluations automatiques (FAIRMetrics, RDA Maturity Indicators) nécessitent souvent une expertise technique de pointe. 

FAIR-Checker exploite les technologies du Web Sémantique (RDF, SPARQL, SHACL) pour estimer synthétiquement le niveau “FAIR” d’une ressource, ou (utilisation experte) vérifier la conformité des métadonnées et identifier celles qui sont manquantes.

Au cours des 6 derniers mois, FAIR-Checker a évalué 276 ressources uniques et a réalisé 10580 tests. 


Publications liées

JOBIM 2021 : https://doi.org/10.5281/zenodo.5914307

Elixir All-Hands 2021 : https://doi.org/10.5281/zenodo.5914367

SWAT4LS 2021 : https://bioschemas.org/meetings/2022-01_SWAT4HCLS_leiden

JWS : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02903805

Institut Français de Bioinformatique
Présentation

Comme dans un livre ouvert

Tout outil mérite une documentation de qualité. Qu’il s’agisse de votre petit script développé sur un coin de clavier ou votre logiciel de compétition qui vous aura coûté plusieurs années de sueur, chacun se doit de se montrer sous son meilleur jour. Et pour cela, un fichier qui l’accompagne fera toute la différence : le README ou LISEZ-MOI en bon français.


Ce petit bout de texte est en effet devenu la vitrine de tout outil que vous aurez développé, surtout depuis l’avènement des dépôts comme Github/Gitlab qui les affichent directement comme page d’accueil. Alors grâce à Pierre Marijon, découvrez comment bien rédiger votre README et quelles sont les meilleures informations à y faire apparaitre !

Bioinfo-fr.net
À l'affiche

JeBiF’s Social Event Online!

Durant cette crise sanitaire, nous avons adapté au format virtuel nos Tables Ouvertes en Bioinformatiques, ainsi que nos Tables Rondes. Face au succès de ces événements, nous vous avons demandé si vous étiez intéressés par des soirées d’échanges et de jeux entre jeunes bioinfos, à l’instar de nos JeBiF Pubs en présentiel.


Suite à vos réponses, nous allons donc mettre en place, de manière ponctuelle, des Social Events sur notre serveur Discord. Nous vous donnons donc rendez-vous le 24 mars à 19h pour discuter, jouer et échanger avec nous ! Venez nombreux !

Association des Jeunes Bioinformaticiens de France
Divers

Newsletter de l’IFB

Ce début d’année est aussi pour l’IFB l’occasion de vous reparler de la publication mensuelle de notre Newsletter. On y retrouve chaque mois des actualités concernant nos plateformes & équipes, des informations  internationales notamment via le réseau ELIXIR, des annonces d’événements et formations, des offres d’emploi, mais aussi des publications qui viennent de sortir. 

Pour s’inscrire à la newsletter 

Pour avoir accès à  toutes les éditions depuis juin 2020

Institut Français de Bioinformatique
Présentation

Les actions soutenues par la SFBI

Depuis longtemps, la SFBI soutient la communauté pour participer à des congrès via des bourses de voyage. En 2021, ce système de bourse s’est ouvert à l’organisation d'évènements liés à la bioinformatique ou au financement de récompense.


Ainsi,  9 bourses de voyage ont été attribuées.

  • Ces bourses ont aidé 7 doctorant.e.s et 2 post-doctorant.e.s à assister aux journées du GDR BIM et aux groupes de travail (MASIM, seqBIM et Bioss) qui se sont déroulées à Lyon en novembre dernier. Le retour des participants a été unanime quant à la convivialité, la richesse des discussions et l’apport significatif des conférences dans leurs projets respectifs. Voilà quelques témoignages qui vous donneront peut être envie d’y participer à l’automne prochain : “J’étais content de faire une présentation dans une petite conférence, pas intimidante et dans laquelle je me suis senti très à l’aise”,  “des opportunités de collaborations se sont présentées”, “[Il y a eu de] nombreuses informations sur les alternatives actuelles aux journaux à buts lucratifs, ainsi qu’à l’Open Science”, “La petite taille du GT Bioss permet de garder un aspect humain où il est facile d’échanger avec tout le monde”, “[J’ai reçu de] nombreux retours intéressants par rapport à mon travail, permettant d’ouvrir de nouvelles opportunités de travail, de nouveaux axes de développement”.

Plusieurs villes ont répondu avec enthousiasme à l’organisation d’événements délocalisés de JOBIM2021 afin de recréer la convivialité de ce moment privilégié que sont ces journées pour la communauté. Avec l’aide de la SFBI, Lilles, Bordeaux, Nice et Montpellier ont pu proposer un lieu de rencontre, de diffusion des conférences et de pauses gourmandes.


Enfin, la SFBI a attribué des prix lors de 2 conférences:

  • Pradeep Eranti (UMRS 1124 Group of Genomic Epidemiology of Multifactorial Diseases, INSERM, Paris) a été lauréat du prix de la meilleure présentation en bioinformatique lors de la conférence European Mathematical Genetic Meeting. La conférence s’est déroulée en ligne et selon les mots de Pradeep s’est très bien déroulée, “the organizers tried their best to make the virtual experience as friendly as possible to the attendees”, même si les opportunités de prises de contact à distance étaient plus difficiles, “I missed the networking opportunities in this pandemic edition”. Son retour est néanmoins très positif, “I have been lucky to participate in this meeting to learn topics relevant to my thesis, and I could apply some of the knowledge later on.
  • Lada Isakova, (IBENS / ENS, Paris), Laura Morel (Genphyse / INRAE, Toulouse) et Camille Roquencourt (CEA, Saclay), ont respectivement reçu les prix SFBI des deux meilleurs poster et de la meilleure présentation orale lors des JOBIM2021.

Pour l’année à venir, nous prévoyons de relancer ces différents appels à manifestation qui nous semble un bon moyen de soutenir la communauté de bioinformatique française. D’autre part, nous avons bien avancé la remise en ligne de notre site web et allons profiter de cette année 2022 pour l’incrémenter avec de nouvelles pages d’actualité, un annuaire des laboratoires, et des formations ainsi qu’un listing des métiers de la bioinformatique. Et bien sûr, n’oublions pas les journées annuelles JOBIM2022 qui se dérouleront jusqu’à preuve du contraire en présentielle à Rennes.

Société Française de Bioinformatique
Exclusivité

Le blog fête ses 10 ans !

Voilà 10 longues années que le blog existe et vous abreuve d’articles aux sujets divers et variés à l’image de la bioinformatique elle-même ! Grâce à nos auteurs et contributeurs on a pu s’attarder un peu sur chaque omique, on a plongé au cœur de notre outil en parlant algorithmique, on a été chatouiller les plates bandes des statisticiens en montrant que “nous aussi on peut !”, on a fait coucou aux physiciens en s’attardant sur le repliement de notre belle molécule d’ADN, on a lu pour vous nombre de livres pour ne vous garder que le meilleur, etc.

Alors justement, pour ces 10 ans, on s’est dit qu’on allait se faire une petite rétrospective du blog auprès de toutes ces personnes qui ont fait que Bioinfo-fr.net est ce qu’il est aujourd’hui : un blog communautaire bioinfo qui profite à tous les francophones !


Nous avons déjà commencé à contacter tous nos anciens à grand coup de mail, mais certains se sont évanouis dans la nature (comprenez qu’on a gentiment essuyé des mails non délivrés car adresse détruite), alors on est partis en quête d’eux à travers la jungle d’internet. Si vous êtes un ancien, que vous lisez ce message et que vous n’avez pas eu de nouvelle de nous, n’hésitez pas à nous contacter à admin(AT)bioinfo-fr.net

Bioinfo-fr.net
Aux dernières nouvelles

Nouveau Conseil d’Administration de JeBiF

A l’occasion de notre Assemblée Générale du 25 octobre, notre Conseil d’Administration a été renouvelé. Tous les membres ayant candidaté ont été élu-e-s, et notre CA est désormais composé de :

  • Victor Grentzinger, président

  • Emma Corre, vice-présidente

  • Sarah Guinchard, vice-présidente

  • Xavier Bussell, secrétaire

  • Slim El Khiari, trésorier

  • Mathias Galati

  • Klaus von Grafenstein


Nous continuerons nos actions pour aider et fédérer la jeune communauté bioinformatique de France. A cette fin, nous avons besoin de vous ! Si vous souhaitez devenir bénévole, pour nous aider à organiser des événements pour les bioinformaticien-ne-s de votre ville, nous vous invitons à nous contacter via notre adresse mail.

Association des Jeunes Bioinformaticiens de France
Présentation

Les prémices du Catalogue français des ressources en bioinformatique

Depuis quelques temps maintenant, l’IFB a lancé le projet de créer un catalogue des ressources françaises en bioinformatique. Le projet d’envergure suit son cours, et une application est dès à présent publiée et ouverte à tous, c’est la catégorie Formations.  

Les groupes de travail "Catalogue IFB" et "Formation" ont organisé un Catathon virtuel (i.e. Catalogue Hackathon) le 24 janvier. L'objectif était de présenter le nouveau catalogue IFB et en particulier sa section formation, et d'aider les coordinateurs de formation des plateformes régionales à enregistrer leurs formations et leurs événements de formation dans le catalogue. 26 personnes de 18 plateformes régionales et d'IFB-core ont participé au catathon. Plusieurs événements de formation ont été ajoutés au catalogue et ceux à venir sont maintenant visibles sur le site web de l'IFB. Le Catathon a également soulevé quelques points importants concernant l'interface utilisateur du catalogue et une manière plus cohérente d'annoter les formations des plateformes régionales.

Les autres sections du catalogue viendront au fil de l’eau dans les mois à venir.

Institut Français de Bioinformatique
Présentation

Bilan des offres d’emplois et stages

Pour l’année 2021, et à partir de la réouverture du siteweb de la SFBI avec notamment la possibilité de publier des offres d’emplois et stage (avril 2021), 735 annonces ont été postées:

  • 330 offres s’adressaient aux étudiants pour des stages de niveaux BTS à M2, les stages de M2 représentant la majorité des offres étudiantes (189), ainsi que 72 thèses, et 56 contrats d’apprentissage.

  • 405 offres d’emploi dont 27.1% à durée indéterminée. Ces offres s’adressaient aux candidats en ingénierie ( de AI à IR en passant par les autres postes en ingénierie du monde du privé) pour 64% des offres en contrat court, et 51% en contrat à durée indéterminé, 31.6% et 20.9% aux chercheurs et enseignant chercheur, et 3% et 27% aux autres postes.


En utilisant les mots clé de ces annonces pour réaliser un nuage de mot, on retrouve majoritairement le domaine de l’analyse de données séquences génomiques et transcriptomiques mais également du domaine du machine learning et de la modélisation.

Dans les semaines qui viennent nous posterons sur le site de la SFBI un bilan plus détaillée des offres 2021, avec notamment une descriptions géographiques, et de niveau de salaire.


Pour 2022, à la date du 10 février, 115 offres ont déjà été mises en ligne sur le site de la SFBI. 


Nous espérons que chaque offre a trouvé et trouvera un candidat. Bonne recherche à tous

Société Française de Bioinformatique
Aux dernières nouvelles

Une Assemblée Générale IFB à la charnière de deux feuilles de route

Pour l’IFB, cette nouvelle année s’aligne avec la transition entre deux feuilles de route. La précédente (2018-2021) a été marquée par la restructuration de l’infrastructure nationale, une consolidation de notre implication dans ELIXIR, le développement d’un réseau national de ressources de calcul (NNCR) géré par une task force mutualisée inter-équipes, un axe d’innovation centré sur la bioinformatique intégrative, la promotion de la Science Ouverte, et l’ouverture de nouveaux programmes de formation adressés à la fois aux biologistes et aux bioinformaticiens. L’IFB a également fait l’objet d’un processus de renouvellement de ses affiliations, qui a conduit à une extension de son périmètre (21 plateformes membres, 8 contributrices et équipes 7 associées). 

En septembre dernier, une retraite de trois jours dans les Alpes a réuni des personnes de toutes les plateformes et équipes afin de lancer une rétrospective de la feuille de route précédente et de démarrer la nouvelle (2022-2025). L’Assemblée générale de l’IFB, qui s’est tenue le 11 janvier dernier, a été l’occasion d’affiner la stratégie de notre feuille de route et de renforcer ses grands axes autour de la fourniture de services mutualisés (calcul et stockage, outils, bases de données, formations, promotion de la Science Ouverte, soutien aux utilisateurs et aux projets de recherche) soutenus par des activités de base (gestion, communication, valorisation, évaluation d’impact, construction et suivi de projets). 


Pour voir et revoir les présentations de l’Assemblée générale de l’IFB


La portée multi-échelle de ces activités repose sur des interconnexions étroites entre les plateformes et les équipes locales, notre infrastructure nationale et la fédération ELIXIR des nœuds nationaux. La feuille de route vise essentiellement à atteindre tous les utilisateurs et parties prenantes : les équipes de recherche, l’enseignement supérieur, l’industrie, nos infrastructures nationales partenaires pour les sciences de la vie et de la santé, les institutions de recherche, les agences de financement et le grand public.

La nouvelle feuille de route s’articule autour de plusieurs programmes et projets majeurs. En plus de MUDIS4LS, EMERGEN et ABRomics dont nous vous avons déjà parlé, l’IFB est d’ores et déjà engagé sur de nouveaux projets PEPR comme ATLASEA (Atlas des génomes marins : des données massives à l'innovation) qui prévoit de séquencer plusieurs milliers d’espèces, ou le PEPR Santé Numérique porté par l’INRIA et l’INSERM.

Institut Français de Bioinformatique
À l'affiche

Au programme

Pour ce premier semestre 2022, quelques évènements sont programmés en ligne ou en présentielle, à vos calendrier:


MARS 2022


AVRIL 2022


MAI 2022


JUIN 2022

JUILLET 2022

SEPTEMBRE 2022

Société Française de Bioinformatique

Les Bioinformations vous sont proposées par