Bioinformations n° 26 - octobre 2020

Les aventures de Nounours en ligne !

Pour l’édition 2020 de la Fête de la Science, nous comptions présenter des ateliers tournants autour d’une invasion de Zombinours. Néanmoins, Compte tenu de la situation sanitaire liée à la Covid, il a été préférable de réserver ces activités à une situation plus favorable. Ce contexte complexifiant l'organisation de nos actions en présentiel, notre participation à l'édition 2020 n'en est que plus difficile à appréhender.

Toutefois, notre équipe de vulgarisation a rendu accessible nos précédents ateliers en ligne. Retrouvez dès à présent la première aventure de Nounours en ligne dans : Les Experts BioInfos !

Rejoignez l’aventure, et aidez-nous à soigner Nounours de la blastouille. Afin de trouver la bactérie à l'origine de la terrible maladie de notre mascotte, vous découvrirez les bases de la génomique ainsi que de la métagénomique, et même de la détermination de la structure des protéines !

Bientôt un portail des ressources françaises pour la Covid-19

Face à la crise sanitaire mondiale, la Task Force Covid-19  de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) a entamé le projet de déployer un portail des ressources Covid-19, qui constituera la section française du portail européen  ELIXIR - EBI. Le portail permettra de référencer les données et ressources issues des recherches françaises sur la Covid-19 en virologie, immunologie, épidémiologie, médecine, génomique, biologie de l’évolution, etc. Il référencera également les ressources logicielles (en connexion avec la base de donnée bio.tools) et les formations (en connexion avec la base de donnée TeSS), ainsi que les expertises des chercheurs et des équipes travaillant sur la Covid-19.

Complément indispensable de ce dispositif web d’information, l’IFB se mobilise pour aider les chercheurs à annoter leurs données afin qu’elles soient plus faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables (“FAIRification”). Plusieurs actions seront ainsi menées, incluant des formations à l’annotation des données biologiques, des ateliers d’annotation de données avant leur soumission, et la mise en place d’un support informatisé pour la validation de la qualité des métadonnées, et la soumission des séquences nucléiques à l’archive européenne ENA. Développé pour faciliter la coopération des scientifiques, le portail Covid-19 impliquera les chercheurs français de tous horizons qui seront prochainement sollicités pour annoter et référencer leurs ressources dans le portail “Covid-19”.

Le GDR BIM s'invite chez vous !

Cet automne, crise sanitaire oblige, les activités du GDR BIM passent en virtuel. C'est l'occasion de continuer à suivre vos événements favoris ou de découvrir les activités des groupes de travail que vous ne connaitriez pas encore.

A noter dans vos agendas :

·         Séminaire mensuel du groupe de travail BIOSS, Biologie Systémique et Symbolique

o    Quand : les vendredis à 13h

o    Où : ici

·         Mini-conférence <<SARS-CoV 2 et biologie structurale>> du groupe de travail MASIM, Méthodes Algorithmiques pour les Structures et Interactions Macromoléculaires

o    Quand : le jeudi 19 novembre

o    Où : ici

·         Journées SeqBIM, Séquences en Bioinformatique, Informatique et Mathématiques

o    Quand : les 23 et 24 novembre

o    Où : ici

·         Colloque de prospective Science des données, IA et biologie

o    Quand : le 2 décembre

o    Où : ici

Les annonces pour les autres rendez-vous à venir seront diffusées sur la liste bioinfo ou directement accessibles sur le site du GDR BIM.

Nouveau bureau de la SFBI

Comme chaque année, une partie du bureau de la SFBI a été renouvelée lors de l’AG qui s’est tenue à JOBIM, grâce au vote des adhérents. Morgane, Hélène et Alexandra le quittent après avoir réalisé 2 mandats au sein de l’association : nous les remercions très chaleureusement pour leur investissement sans faille durant ces 6 dernières années ! Et voici donc la composition du nouveau bureau :

Pour sa dernière année, Julien Fumey (Pasteur, Paris) reprend la présidence, secondé par une vice présidence en duo : Anna-Sophie Fiston-Lavier (Université de Montpellier, MCF), qui entre au bureau cette année et à laquelle nous souhaitons la bienvenue, et Matthias Zytnicki (INRAe, Toulouse). Marc Deloger (Institut Gustave Roussy, Paris) poursuit la gestion de la trésorerie, secondé par Yves Clément (Université de Paris, MCF), qui débute son mandat et auquel nous souhaitons également la bienvenue, et Samuel Mondy (INRAe, Dijon) celle des bourses de voyage.

Julien, Anna-Sophie, Matthias et Yves soutiendront l’organisation des futures éditions de JOBIM. Anna-Sophie s’impliquera dans REBIF, et Matthias dans la mise à jour des équipes sur le site web et le lien avec le GDR BIM.

Erwan Corre (CNRS, Roscoff) reste le point de contact pour les actions conjointes avec l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), et Sarah Djebali (INSERM, Toulouse), qui sera accompagnée de Maria Bernard (INRAe, Jouy-en-Josas), nouvelle entrante au bureau, bienvenue à elle, continue de co-écrire les bioinformations avec la SFBI et ses partenaires (JeBIF , bioinfo-fr.net, le GDR BIM et l'IFB) et organise les prix SFBI à JOBIM. Maria s’impliquera également dans la modération des listes de diffusion, des offres d’emplois et stage, ainsi que dans la validation des comptes SFBI.

Ils continuent de soutenir le bureau par la modération des listes de diffusion, la validation des offres d’emploi, stages et comptes sur le site de la SFBI, la rédaction des bioinformations, la mise à jour du catalogue des évènements et le maintien du site web. Merci à Alexandra Louis, Virginie Bernard, Laurent Mouchard, Céline Hernandez, Valentin Guignon, Yannick Boursin et Morgane Thomas-Chollier.

Le prochain renouvellement du bureau aura lieu lors de JOBIM à Paris. Pour rejoindre le bureau et pour voter il faut être adhérent au 31 mars 2021. N'oubliez pas d'adhérer si vous souhaitez être un membre actif de la communauté !

Événements de JeBiF : pas de présentiel avant 2021

Lors de la précédente édition des Bioinformations, le Conseil d’Administration de JeBiF avait émis le souhait de reprendre ses activités habituelles, et nous continuons de vouloir organiser ces événements pour vous !

Cependant, au vu de l’évolution de la situation sanitaire sur l’ensemble du territoire français, nous avons pris la décision de laisser en suspens toutes nos actions réunissant physiquement nos membres et invités en cette période de fin d'année 2020. Toutefois, nous travaillons activement afin de permettre à nos membres de participer à ces événements depuis chez eux, et ainsi de continuer à faire vivre la communauté des jeunes bioinformaticiens !

Stay tuned!

Clôture budgétaire, pensez adhésion SFBI

La fin de l'année approche et il vous reste des crédits ?

Au lieu de commander un énième disque dur, pourquoi ne pas prendre une adhésion de personne morale à la Société Française de Bioinformatique (SFBI) pour votre laboratoire/ équipe de recherche / plateforme ?

Coût : 300 euros. Nous acceptons les adhésions par anticipation pour 2021.

Avantages :

·         3 personnes physiques adhérentes

·         En plus des ces 3 personnes adhérentes, tarif préférentiel pour une inscription à JOBIM pour 2 doctorant(e)s de l'équipe adhérente (sans adhésion à titre individuel)

·         Candidature aux bourses SFBI pour toute l’équipe, sans adhésion à titre individuel

·         Mise en avant de votre logo via un bandeau défilant sur la page d'accueil de notre site web

·         Et surtout un soutien important à nos actions (bourses de voyage pour JOBIM, bourses de voyage doctorants, prix jeunes scientifiques à JOBIM, MetBIF, REBIF, Meet-U, etc).

Toutes les infos ici.

Pour adhérer : contactez par email notre trésorier Marc Deloger (Marc.DELOGER at gustaveroussy.fr) ou notre trésorier adjoint Yves Clément (yves.clement at ijm.fr).

Renouvellement du Conseil d'Administration de JeBiF !

Le 2 octobre dernier, l'association des Jeunes Bioinformaticiens de France (RSG France - JeBiF) a tenu son Assemblée Générale Ordinaire annuelle, l'occasion de renouveler son Conseil d'Administration.

Le nouveau Conseil d'Administration est maintenant composé de :

·         Victor Grentzinger, Président

·         Emma Corre, Vice-présidente

·         Slim El Khiari, Trésorier

·         Xavier Bussell, Secrétaire

·         Mathias Galati

·         Athénaïs Vaginay

Toute l’équipe remercie chaleureusement Florence Jornod et Julien Fumey pour leur engagement au sein du CA de JeBiF pendant toutes ces années ! Bonne continuation à eux !

Nous sommes à votre disposition pour toute question, n’hésitez pas à nous contacter via notre adresse mail ! :)

Au programme

La période n'est pas propice aux rencontres et peu de colloques sont annoncés. N'hésitez pas à informer la communauté si des colloques sont proposés en visio-conférence, JOBIM a démontré la pertinence de telles organisations ! 

Pour les mois à venir, quatre rendez-vous sont programmés (en dehors des événements du GRD BIM, indiqués dans un autre article) :

·         Journée thématique <<L’analyse (multi-)omique à l’échelle de la cellule unique>> le mercredi 28 octobre 2020, en webinaire Zoom

·         DMCM - Disease Map Community Meeting, du 12 au 14 novembre 2020, en virtuel

·         ISBRA - International Symposium on Bioinformatics Research and Applications du 1er au 4 décembre 2020, à Moscou en Russie

·         JOBIM 2021 se tiendra du 4 au 7 mai 2021, à Paris, à l'Institut Pasteur. Attention aux dates exceptionnelles en mai !

Merci à toutes les personnes qui contribuent à faire vivre les événements sur le site de la SFBI.