Bioinformations n° 41 - mars 2025

Nouvelles du GdR BiMMM

L'appel à ateliers du GdR est en cours jusqu'au 31 mars. Les ateliers ont vocation à fédérer une nouvelle communauté de chercheurs et chercheuses, sur un sujet interdisciplinaire et sont destinés en priorité aux jeunes membres de la communauté. L'appel 2024 avait financé MIGGS (centré autour de la pangénomique) qui a été renouvelé en 2025 et organisera un mini-symposium à JOBIM. N’hésitez pas à candidater cette année pour prendre la suite.

Au delà de MIGGS, le GdR et ses acteurs, sont bien représentés à JOBIM 2025. C'est évidemment le cas chaque année mais on note par exemple cette année, 1 membre du conseil scientifique parmi les keynotes (Eric Rivals), 2 membres du conseil scientifique ou animateurs de Groupes de Travail (GT) parmi le comité d’organisation, 11 parmi le comité de programme (dont Raluca Uricaru qui le co-préside) et 2 mini-symposiums co-organisés par des membres du GdR (celui organisé par MIGGS et celui intitulé The Genomics of Biodiversity).

Enfin, le retour des beaux jours voit également fleurir les animations des GT du GdR. Le GT StatOmique a organisé sa journée annuelle le 11 mars 2025 à AgroParisTech. Cette dernière a mis l’analyse de données de comptages et l’intégration de données omiques à l’honneur et rassemblé une quarantaine de participants et participantes qui ont écouté un panel de 11 présentations (7 hommes et 4 femmes).

Les GT MASIM et BIOSS prendront ensuite le relais avec leurs journées organisées à Paris les 2 et 3 avril pour MASIM et les 26 et 27 mai pour BIOSS.

Nouvelles illustrations des métiers de la bioinformatique

Nous enrichissons notre panel d’illustrations des métiers de la bioinformatique en vous proposant un nouvel entretien ...

Nicolas Sauvion, ingénieur de recherche au sein de l'UMR Plant Health Institute (PHIM) à Montpellier et Robert Bossy, ingénieur de recherche au sein de l'unité Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement (INRAE MaIAGE) partagent avec nous l'histoire de leur collaboration et notamment comment leurs expertises se complètent et permettent une analyse approfondie des données textuelles et biologiques, contribuant à une meilleure compréhension des écosystèmes et à une veille scientifique plus complète. (article)

... et une nouvelle fiche métier

Pierre Poulain, enseignant-chercheur à l’IBPC à Paris, revient sur son parcours interdisciplinaire et ses recherches en dynamique moléculaire. À l’interface entre chimie, informatique et sciences humaines, il explore les pratiques de partage des données scientifiques et souligne l’importance des outils numériques et de la collaboration pour une science plus ouverte et réutilisable. (article)

Bonne lecture à vous, et si vous êtes souhaitez partager la vision que vous avez de votre métier, n’hésitez pas à nous contacter (sfbi.contact@gmail.com).

Réseau MERIT : retour sur la mise en place des Groupes Thématiques

Le comité de pilotage MERIT s’élargit et compte désormais deux nouveaux membres : Loredana Martignetti et Vincent Lombard (https://merit.cnrs.fr/organisation/).

Les groupes thématiques (GT) se structurent et organisent leurs premiers webinaires (https://merit.cnrs.fr/les-groupes-thematiques/) :

MERIT prévoit également de se réunir à l'occasion de la prochaine édition de JOBIM, le 8 juillet au matin et travaille activement à la pérennisation de ses actions en visant une intégration à la MITI dès cette année.

Si vous souhaitez rejoindre le réseau MERIT et être informé sur ses actions, quel que soit votre statut et votre employeur, inscrivez-vous à notre liste de diffusion (merit@services.cnrs.fr).

Les rencontres de ce début d'année

JeBiF et ses bénévoles vous ont donné rendez-vous dans 3 villes pour un moment de convivialité pour ce début d'année.

Le 15 janvier, le TOBI Paris (Tables Ouvertes en Bioinformatique) a fait son grand retour avec une soirée riche en échanges au Mayflower. Nicolas Rascovan a captivé les 20 participants en présentant ses travaux sur l’ADN ancien, offrant un regard fascinant sur l’exploration du passé grâce à la bioinformatique. Dans une ambiance conviviale, les discussions ont continué autour d’un verre, permettant aux bioinformaticien·nes de se rencontrer et d’échanger sur leurs travaux. Une belle réussite qui marque le début d’une nouvelle série d’événements TOBI !

Le 27 janvier, la communauté bioinformatique lyonnaise s'est retrouvée pour une nouvelle édition du JeBiF Pub au Malting-pot 7. Cet événement convivial a rassemblé étudiants, chercheurs et passionnés pour échanger sur la bioinformatique (ou d’autres sujets !) autour d’un verre.

Le 20 février, bioinformaticien·nes et statisticien·nes se sont retrouvés à Saint-Brieuc pour un after-work convivial au BDS Saint-Brieuc. L'événement a permis aux participants d’échanger autour de leurs disciplines, de partager leurs expériences et de renforcer leur réseau professionnel dans une ambiance détendue. Cette première édition à Saint-Brieuc dans les côtes d'Armor a rencontré un franc succès, confirmant l’intérêt pour ces rencontres informelles !

Le 28 février dernier, la communauté bioinformatique parisienne s’est retrouvée pour une nouvelle édition du JeBiF Pub, organisée au Baker Street Pub. Cette édition spéciale printemps a rassemblé de nombreux participants, venus échanger sur leurs parcours, discuter des avancées en bioinformatique et élargir leur réseau dans une ambiance conviviale.

Le principe du JeBiF Pub est simple : offrir un moment convivial pour la communauté bioinformatique afin de discuter, échanger des idées, développer des contacts professionnels, ou tout simplement rencontrer d’autres bioinformaticiens de sa ville !

Le site web de la SFBI fait peau neuve !

Comme certain·e·s d’entre vous ont dû le remarquer, le site web de la SFBI (https://www.sfbi.fr/) s’est fait une beauté début mars ! On en profite pour remercier notre webmaster favori, Julien Fumey !

Nous n’allons pas vous énumérer l’ensemble des nouveautés, on vous laisse les découvrir au fil de votre navigation. Cependant, laissez-nous vous annoncer qu’il y a du nouveau du côté des offres d’emploi. Vous pouvez dorénavant associer une offre à une équipe, avoir plusieurs contacts, corriger une offre non publiée, écrire les descriptions de vos offres en Markdown.

Vous pouvez également dès à présent renseigner plusieurs adresses email à votre profil ou même vous connecter sans mot de passe (passkeys) en utilisant une clé FIDO ou la biométrie de votre appareil.

Vous êtes nombreu·ses/x à nous l’avoir demandé … Notre site web est en cours de traduction en anglais ! Encore un peu de patience avant que la plupart du contenu soit traduit mais c’est pour bientôt !

On garde quelques nouveautés au chaud mais on vous en reparlera très vite !

L’IFB au coeur de l’écosysteme Recherche Data Gouv - Rétrospective et perspectives en tant que CRT

L’IFB a été désigné, en juillet 2022, Centre de Référence Thématique (CRT) pour les données de Biologie-Santé pour l’écosystème Recherche Data Gouv (RDG). Quatre membres de l’IFB avaient participé au séminaire de RDG à Nancy en avril 2024 afin notamment de dresser l’état des lieux et de présenter des perspectives au niveau français et international. Des tables-rondes visant à organiser les collaborations entre les différentes composantes de l’écosystème (Ateliers de la donnée, Centres de Ressources, Centres de référence thématique, Entrepôt et catalogue des données de la recherche française…) avaient également eu lieu. Dans ce contexte, le Groupe de travail sur la science ouverte (GTSO Couperin) a réalisé une interview du rôle et des missions de l’IFB en tant que Centre de Référence Thématique. 

Bilan des offres d’emplois et stages diffusées sur le site de la SFBI

L'une des missions que s'est donnée la SFBI est de mettre à disposition un système de publication des offres d'emploi, stage et thèse en bioinformatique principalement, mais également en statistiques, informatiques, mathématiques.

Pour l’année 2024, 822 annonces ont été postées :

• 392 offres s’adressaient aux étudiants pour des stages de niveaux BTS à M2, les stages de M2 représentant la majorité des offres étudiantes (257), ainsi que 78 thèses, et 25 contrats d’apprentissage ;
• 430 offres d’emploi dont 26,7% à durée indéterminée. La majorité de ces offres (60,7%) s’adressaient aux candidat·e·s en ingénierie (de AI à IR en passant par les autres postes en ingénierie du monde du privé), dont 72,8% en contrat court. Environ un tiers des offres étaient destinées aux chercheur·se·s et enseignant·e·s chercheur·se·s dont 13,7% pour des postes à durée indéterminée, et enfin 9,1% aux autres postes, dont 68,4% pour des postes à durée indéterminée.

La majorité des postes à pourvoir se situe dans le domaine de l'analyse des données de séquences (méta-, épi-) génomiques et transcriptomiques, notamment via des technologies single-cell, ces deux derniers domaines ayant tendance à diminuer légèrement au profit de la métagénomique. Nous constatons également le développement de méthodes dans les domaines de l'apprentissage automatique, de l'intelligence artificielle, de l'apprentissage profond et de la modélisation (bio-)statistique.

D'un point de vue géographique, la majorité des annonces publiées concernent le territoire français (94% dont 1 en Guadeloupe et 1 en Guyane), 28 de ces annonces concernent le territoire européen et 20 sont réparties ailleurs dans le monde dont 15 au Canada.

Plus précisément, en France, 40,1% des annonces concernent la région Île-de-France et 50,3% d'entre elles sont localisées à Paris. Environ 1/3 des offres se répartissent équitablement dans les régions Occitanie (14,9% dont 48,1% à Montpellier et 27% à Toulouse) et Auvergne-Rhône-Alpes (14,1% dont 46,8% à Lyon et 18,3% à Grenoble).

Vous trouverez sur le site de la SFBI un bilan plus détaillé des offres 2024.

Pour 2025, à la date du 12 mars, 136 offres ont déjà été mises en ligne sur le site de la SFBI.

Nous espérons que chaque offre a trouvé et trouvera un candidat. Bonne recherche à tous !

Les BioStreams de 2025

Le BioStream de janvier

Le 8 janvier 2025, JeBiF vous a donné rendez-vous pour le premier BioStream de l’année, marqué par des échanges enrichissants et de nouvelles perspectives.

Au programme : présentation du nouveau CA de JeBiF et mise en avant des associations étudiantes de bioinformatique, notamment e-BIGO du Master de Rennes, et EBiM pour le Master de bioinformatique de Montpellier. Ces derniers ont partagé leurs projets et événements à venir, soulignant leur engagement pour dynamiser la communauté étudiante en bioinformatique.

Ce premier rendez-vous annonce une année dynamique, rythmée par des conférences, des tables rondes et de nouveaux BioStreams !

Le BioStream de février

Le 5 février 2025, le troisième BioStream a mis en lumière le Groupement De Recherche Bioinformatique Moléculaire : Modélisation et Méthodologie (GDR BIMMM) du CNRS.

Les invités ont présenté les actions du GDR : soutien aux groupes de travail, organisation d’événements scientifiques et promotion des échanges entre laboratoires. Un focus particulier a été mis sur les opportunités offertes aux jeunes chercheurs et sur les avancées en bioinformatique moléculaire.

Cet épisode a permis d’explorer les initiatives du GDR BIMMM et leur impact sur la recherche bioinformatique en France, tout en offrant un moment convivial d’échange avec la communauté !

Le BioStream de mars

Le 5 mars 2025, le quatrième BioStream a mis à l'honneur l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), une infrastructure nationale essentielle au soutien des sciences du vivant.

Cet épisode a permis d’explorer les missions et services de l’IFB : mise à disposition de ressources de calcul, formations spécialisées, accompagnement des projets de recherche et développement de solutions innovantes pour la communauté scientifique.

Ce BioStream a offert des discussions très interessantes sur les activités de l’IFB, soulignant son rôle clé dans le paysage bioinformatique français.

Ouverture de la V1 de la plateforme ABRomic

Ouverte en décembre dernier, la plateforme ABRomics a connu sa première mise à jour en v1.1 le 17 janvier 2025. Cette première version publique de la plateforme permet aux utilisateurs inscrits de créer un projet, d'inviter des collaborateurs, de télécharger des données génomiques et les métadonnées correspondantes, et d'exécuter de premières analyses.

Pour en apprendre plus sur les fonctionnalités de cette version, rendez-vous sur le site internet d’ABRomics. Cette version de la plateforme a été présentée lors de la réunion des parties prenantes du projet qui s’est tenue le 30 janvier à l’Institut Pasteur à Paris.

Les futurs développements de la plateforme seront discutés ce printemps.

Les bioinformaticiens voyagent et partagent leurs compétences

Comme vous le savez sans doute la SFBI propose des bourses de voyage pour soutenir vos participations à des congrès ou des formations. En 2024, la SFBI a subventionné 22 bourses de voyage pour un total d'environ 10k€, dont 11 concernaient la participation à JOBIM, 4 la participation à des formations et workshops en métropole et dans les DROM-COM et enfin 8 la participation à des congrès internationaux réunissant la communauté bioinformatique européenne (ECCB) et mondiale (ISMB), mais aussi des congrès plus spécifiques centrés sur les éléments transposables, sur les transplantations pulmonaires ou encore sur la tuberculose.

Par ailleurs, la SFBI soutient également l'organisation d'évènements autour de la bioinformatique. Comme chaque année, cela a été le cas pour des Montpellier Omics Days organisés par les étudiants de l'université de Montpellier. La SFBI a également soutenu l'inauguration du réseau de BIOinformaTIque en ProvenCe (BIOTIC) mais aussi la rencontre de la BIoinformatique à l’Université Côte d’Azur (REBICA) organisée par le CO JOBIM2023-Nice.

Si vous aussi vous avez des envies de voyage, ou d'organisation d'évènements, n'hésitez pas à nous contacter, nous pourrions bien vous soutenir.

Le nouveau Conseil d'Administration de JeBiF

Le verdict des élections du Conseil d'Administration (CA) JeBiF 2025 est tombé, et nous sommes heureux·ses de vous présenter notre nouvelle équipe ! Grâce aux votes sur notre serveur Discord, un CA dynamique et passionné a été élu pour porter les projets de JeBiF (Jeunes Bioinformaticien·ne·s de France) tout au long de l’année à venir.

Si vous ne connaissez pas encore JeBiF, sachez que nous organisons régulièrement des JeBiF PUB, des tables rondes, des ateliers à la Fête de la science, un workshop à JOBIM, des streams de bioinformatique (BioStream) et bien d’autres événements pour promouvoir la bioinfo et favoriser l’échange entre étudiant·e·s, doctorant·e·s, post-docs et jeunes ingénieur·e·s.

Félicitations aux membres élus :

• Présidente : Elisabeth Hellec 
• Vice-président : Benjamin Loire
• Vice-président : Arthur Durante
• Trésorier : Jérémy Rousseau
• Vice-trésorier : Bastien Chassagnol
• Secrétaire : Magis Papail
• Vice-secrétaire : Mahaut Goor
• Administrateur : Yanis Asloudj 
• Administratrice : Noryah Safla

Nous remercions chaleureusement Julien Fumey, Sébastien Gradit, Baptiste Imbert et Samuel Ortion pour leur engagement et leur implication précieuse au sein de JeBiF lors de leurs précédents mandats.

Nous sommes particulièrement motivés pour poursuivre nos actions cette année 2025 ! Au plaisir de vous retrouver nombreux lors de nos prochains événements en bioinformatique ! 

FAIR-Checker : un outil pour améliorer la qualité de vos ressources web

Qu’est-ce que FAIRChecker ? 

FAIR-Checker, service développé par l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), est un outil en ligne facilitant l’évaluation aux principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable), la remontée d’indicateurs et l’amélioration de la qualité des métadonnées pour les ressources web en science de la vie. Avec une portée européenne, puisqu’il a été labellisé SDP ELIXIR,  FAIR-Checker est aujourd’hui largement utilisé, puisque l’on compte une moyenne de 115 000 évaluations de métriques FAIR effectuées chaque mois en 2024.

Pour qui ? 

FAIR-Checker s’adresse aux chercheurs, ingénieurs et gestionnaires de données souhaitant vérifier le niveau  de “FAIRness” de leurs ressources Web ; et aux développeurs pour explorer et inspecter la qualité des métadonnées exposées.

En quoi est-il utile ? 

L’adoption des principes FAIR permet de mieux répondre aux enjeux de science ouverte, et d’assurer une meilleure visibilité et réutilisation des données. FAIR-Checker automatise cette évaluation en vérifiant la présence et la structuration des métadonnées, l’accessibilité des ressources web et leur interopérabilité avec d'autres systèmes. En identifiant les points à améliorer, l'outil aide ainsi les utilisateurs à rendre leurs données plus conformes aux standards FAIR et à optimiser leur diffusion. 

FAIR-Checker s'appuie sur les technologies du Web sémantique pour vérifier que les métadonnées utilisent des normes et des ontologies reconnues ou des vocabulaires contrôlés.

Comment y accéder ? 

FAIR-Checker est accessible en ligne sans installation préalable. Il suffit d’entrer une URL ou de fournir un fichier de métadonnées pour obtenir une évaluation instantanée.

Pour en savoir plus et accéder à FAIR-Checker, rendez-vous sur fair-checker.france-bioinformatique.fr.

AG de la CoSSAF 2025 : Structuration, stratégie et lancement du concours Sciences Grand Angle

• Renforcement de la communication (site web, réseaux sociaux, réflexion sur un départ groupé de X/Twitter) ;
• Concours photo et prix scientifiques pour valoriser la recherche ;
• Promotion des faits et de la liberté académique via une tribune et une enquête sur le financement de la recherche ;
• Soutien aux politiques publiques en consolidant le dialogue avec les grandes instances scientifiques (CNRS, Ifremer…).

Appel à volontaire : formateur Snakemake

Nous recherchons un formateur Snakemake pour compléter l’équipe pédagogique de la formation WF4Bioinfo 2025. Cette formation s’adresse à un public ayant déjà une première expérience et vise à approfondir l’utilisation de Snakemake.

Informations importantes à prendre en compte:

Dates : du 29 septembre (13h) au 1er octobre (12h30) 2025

Lieu : Institut des Systèmes Complexes Paris Île-de-France, 113 rue Nationale, 75013 Paris

Vous pouvez consulter la description détaillée sur Moodle.
Les supports pédagogiques de l’édition 2024 sont également disponibles ici : Supports 2024.

N’hésitez pas à diffuser cette annonce aux personnes susceptibles d’être intéressées !

Si vous êtes intéressés ou pour davantage de précisions, vous pouvez contacter l'équipe formation de l'IFB : contact-formation@groupes.france-bioinformatique.fr

JeBiF aux Montpellier Omics Days (MODs)

Les 3 et 4 février 2025, l’équipe de JeBiF a participé aux Montpellier Omics Days (MODs), un événement incontournable dédié aux sciences omiques et à la bioinformatique et organisé par les étudiants du Master de Bioinformatique de Montpellier.

Organisées sur le Campus Triolet de l’Université de Montpellier, ces journées ont rassemblé étudiants, chercheurs et professionnels autour de conférences, tables rondes, ateliers pratiques et présentations de posters scientifiques. Des thématiques variées, allant de l’écologie à l’intelligence artificielle, ont été abordées, favorisant des échanges enrichissants.

Félicitations aux organisateurs et aux étudiants pour cet événement réussi !

Au programme

Mars

• (W) 31/03-04/04 : Analyzing ecological network data, Montpellier, France

Avril

• (C) 01-04 : Diving into the secrets of cellular membranes (GEM2025), Boulogne-sur-mer, France
• (C) 26-29 : 29th International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB2025), Seoul, Korea

Mai

• (C) 05-07 : Symposium en Génomique Humaine (ISHG2025), Paris, France
• (F) 19 au 23 : AI4Bioinfo au Centre Paul-Langevin à Aussois, France

Juin

• (F) 1 au 6 : EBAII niv2 à la station Biologique de Roscoff, France
• (C) 25 : 3ème Journée Ifremer du microbiome, Nantes, France

Juillet

• (C) 08-11 : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique, et Mathématiques (JOBIM2025), Bordeaux, France