Bioinformations n° 39 - septembre 2024

À l'affiche

Save the date : 6-8 Novembre 2024, journées MERIT à Paris

Le réseau MERIT organise une rencontre noon-to-noon du 6 au 8 novembre 2024 à Paris dans les locaux de l'ISC-PIF.

Le 7 novembre sera une journée thématique dédiée à l'usage de l'IA pour l'annotation structurale et fonctionnelle des génomes. Venez écouter des experts du domaine et participer aux ateliers dédiés à l’utilisation des outils associés.

Les résultats de l’enquête en cours, menée par MERIT, sur les besoins spécifiques de la communauté dans plusieurs domaines seront le point de départ des discussions des groupes de travail (https://merit.cnrs.fr/les-groupes-thematiques/) qui se réuniront suivant les thématiques l’après-midi du 6 novembre et le matin du 8.

Le programme détaillé de ces rencontres sera disponible sur la page dédiée : https://merit.cnrs.fr/ia-pour-lannotation-rencontre-des-groupes-thematiques-nov-2024/

Nous vous proposons d’ores et déjà de bloquer ces dates dans votre agenda afin de participer à ces actions structurantes et nous réjouissons d’avance de vous voir nombreux à ces évènements !

Réseau MetiER en bIoinformaTique
Aux dernières nouvelles

Actualités du GDR BIMMM

Le GDR BIMMM a organisé du 14 au 18 Juin à Forges-les-Eaux la troisième édition de JC2BIMMM, son école pour jeunes chercheurs et jeunes chercheuses (après deux éditions à Fréjus en 2018 et Rennes en 2021).

Cette école propose une introduction aux concepts de statistiques, algorithmiques et combinatoires utilisés pour l’analyse des grandes masses de données de séquences, telles que les données produites par séquençage. 

Elle s’organise autour de deux grands modules (Fondements statistiques et Fondements algorithmiques et combinatoires pour l’analyse de séquences) qui se déclinent tous deux en cours, ateliers et travaux pratiques pour présenter les outils méthodologiques conformes à l’état de l’art pour l’analyse de séquences, tout en faisant le lien avec les dernières technologies expérimentales.

L’édition 2024 a rassemblé sous le soleil et la pluie normande 23 participant·e·s (avec une majorité de (post-)doctorant·e·s mais également des ingénieur·e·s, chercheurs et chercheuses plus confirmés) devant lesquels se sont succédés 12 intervenant·e·s dans une ambiance studieuse mais joyeuse. Les retours sont très positifs et la prochaine édition est prévue pour Juin 2026.

Photo de groupe

En parallèle de ses activités récurrentes, le GDR inaugure en septembre son premier atelier. Ce nouveau type de soutien, pour lequel un appel à manifestation d'intérêt avait été lancé en début d'année, vise à fédérer une nouvelle communauté de chercheurs et chercheuses, sur un sujet interdisciplinaire et en priorité destiné aux jeunes membres de la communauté, avec un financement d'un an, renouvelable une fois.

Le premier lauréat de cet appel est l'atelier MIGGS (Methods for Interfacing with Graphs of Genomic Sequences) qui porte sur la visualisation, l'annotation, et l'interaction avec les graphes de pangénomes. L'atelier a organisé sa journée de lancement le 23 septembre à Lille avec un beau panel d'intervenant·e·s.

Un nouvel appel à ateliers est en cours jusqu'au 15 novembre, n'hésitez pas à franchir le pas et à proposer le vôtre !

GDR Bioinformatique Moléculaire
Présentation

JeBiF fait sa rentrée !

Bienvenue à tous les nouveaux en bioinfo !

Qu'est ce que JeBiF, l'association des jeunes bioinformaticien.nes de France ?

Nos principales missions sont :

  • Rassembler et dynamiser les jeunes bioinformaticiens
  • Vulgariser la bioinformatique
  • Informer sur les formations en bioinformatique
  • Innover et proposer de nouveaux projets aux jeunes bioinformaticiens français !
(Pour info: JeBiF est associé au ISCB Student Council, elle constitue le Regional Student Group (RSG) France et de ce fait possède une portée internationale )


Pour vous donner quelques idées de projets mises en place par JeBiF:

  • JeBiF PUB: l’occasion pour les membres de JeBiF et toute personne intéressée de se rencontrer, de discuter de tout et de rien, de projets, de bioinformatique (ou pas).
  • JeBiF@JOBIM: L'occasion de nous nous retrouvons entre (jeunes) bioinformaticiens avant JOBIM sous la forme de table ronde, présentation de poster, flash talk, hackathon.
  • Nos tables rondes: Nous organisons des tables rondes au sein de formation pour discuter du monde du travail ou des possibilités de poursuites professionnelles après le master en bioinformatique
  • La fête de la science: Vulgarisation de la bioinformatique pour un large public. Cette année nous animons un atelier sur 3 jours à la fête de la science de Paris: Les aventures de Nounours au secours de la Bretagne "l'attaque du phytoplancton".
  • BioStream: Cette année nous lançons les BioStream, des lives autour de la bioinfo sur Twitch ou Youtube. L’objectif: découvrir de chez soi des thématiques de recherches, des parcours de bioinformaticiens, ou des projets !

Pour nous rejoindre c'est très simple:
Adhésion: https://jebif.fr/app/membership/subscription/
Discord: https://discord.gg/DY4vf5k3uP
Linkedin: https://lnkd.in/egAhgyDU

Association des Jeunes Bioinformaticiens de France
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Quoi de neuf en cette rentrée du côté de la SFBI ?

Après une pause estivale, la SFBI revient en pleine forme pour une nouvelle année à vos côtés. Avant de vous rappeler la composition du bureau renouvelé en juillet dernier, revenons sur la dernière édition des JOBIM !

L’édition 2024 des JOBIM s’est tenue dans la ville rose, Toulouse, du 25 au 28 Juin. Cette édition a rassemblé 470 inscrits en présentiel et 87 en distanciel. Les JOBIM de cette année ont été victime de leur succés et les inscriptions ont dû être cloturées prématurément. Nous avons pris bonne note de cet engouement et serons attentifs à ce point pour les prochaines éditions ! Nous tenons à remercier les comités de programme et d’organisation pour le travail fourni, ainsi que l’ensemble des bénévoles ayant oeuvré pour que ces JOBIM2024 se déroulent dans les meuilleures conditions. Nous vous donnons rendez-vous à Bordeaux du 8 au 11 juillet 2025 pour JOBIM2025 !

Comme chaque année, une partie du bureau de la SFBI a été renouvelée lors de l’assemblée générale qui s’est tenue pendant JOBIM2024, grâce au vote des adhérents. Le bureau pour cette nouvelle année 2024-2025 est renouvelé à l’identique. Ce dernier est composé de 9 membres : Audrey Bihouée, Erwan Corre, Elodie Darbo, Sandra Dérozier, Anna-Sophie Fiston-Lavier, Cyril Noël, Delphine Potier, Pierre Poulain et Marie-France Sagot. Le bureau continue d’avoir le soutien de Julien Fumey pour la gestion du site web mais également la modération de la liste bioinfo avec Alexandra Louis et Laurent Mouchard. Enora Geslain et Riwan Brillet apporteront également leur soutien sur le volet Communication.

Le prochain renouvellement du bureau aura lieu lors de JOBIM2025 à Bordeaux. Pour voter il suffit d'être adhérent·e à la SFBI au 31 mai 2025. Et si vous souhaitez nous rejoindre, n’hésitez pas à prendre contact dès à présent avec le bureau actuel via notre adresse e-mail.

Société Française de Bioinformatique
À l'affiche

Fête de la science à PARIS: JeBiF anime un atelier

JeBiF à  la Cité des sciences et de l'industrie

La fête des Sciences dont le thème est cette année “Océan de savoirs” revient du 4 au 14 octobre 2024 pour sa 33e édition ! Le principe ? Une semaine dédiée à la culture scientifique à travers de nombreux événements gratuits dans toute la France. L'opportunité de sensibiliser les publics à la science et à ses enjeux, de favoriser le partage des savoirs entre chercheurs et citoyens, de valoriser le travail de la communauté scientifique, de susciter des vocations chez les jeunes.


Cette année JeBiF anime un atelier à la Cité des sciences et de l’industrie qui ouvrira gratuitement ses portes le samedi 5 et dimanche 6 octobre 2024.

Nous seront également présents le vendredi 4 octobre pour accueillir des groupes de scolaires afin de leur parler de bioinformatique !

Association des Jeunes Bioinformaticiens de France
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Une nouvelle saison commence

Une rentrée sous le signe du renouveau !

Les vacances sont bien finies, les ordinateurs portables posés, les souris chargées, les chats ronronnent, et le café chauffe !

Pour bien se remettre dans le bain, rien de mieux qu'une petite astuce en R. Vous avez des IDs, il vous faut les symboles des gènes. Question classique et solution élégante: https://bioinfo-fr.net/r-convertir-des-ensembl-ids-en-symboles-de-genes.

Pour continuer, rien de mieux qu'un article découverte présentant les algorithmes de clustering et leurs diversités: https://bioinfo-fr.net/la-diversite-des-algorithmes-de-clustering.

Bioinfo-fr.net
Divers

Cloture budgétaire, pensez adhésion SFBI

La fin de l'année approche et il vous reste des crédits ? Pourquoi ne pas prendre une adhésion de personne morale à la Société Française de Bioinformatique (SFBI) pour votre laboratoire/équipe de recherche/plateforme ? Le coût d’une adhésion morale est de 300 euros et nous acceptons les adhésions par anticipation pour 2025.

Mais quels sont les avantages d’une adhésion Personne morale ?

  • tarif préférentiel pour l’inscription à JOBIM de 3 personnes physique de l'équipe adhérente ;
  • candidature aux bourses SFBI de tous les membres de l’équipe, sans adhésion à titre individuel ;
  • mise en avant des équipes adhérentes via un bandeau défilant sur la page d'accueil du site web SFBI : https://sfbi.fr/ ;
  • mise en avant des équipes adhérentes dans l’annuaire des équipes en bioinformatique du site web SFBI : https://www.sfbi.fr/equipes/annuaire ;
  • bientôt, une mise en avant sur le site web des offres d'emploi postées par les équipes adhérentes ;
  • et surtout un soutien important à nos actions (bourses de voyage pour JOBIM, bourses de voyage doctorants, prix jeunes scientifiques à JOBIM, MetBIF, REBIF, Meet-U, etc).

Pour adhérer à la SFBI, c’est très simple, tout se fait en ligne maintenant, rendez-vous sur la page dédiée de notre site web : https://www.sfbi.fr/blog/article/adhesions.

Société Française de Bioinformatique
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JeBiF PUB édition "Back to School"

Les JeBiF Pubs, c’est quoi ?

Une occasion de se rencontrer, de discuter de bioinformatique (ou pas), de passer un bon moment autour d'un verre ! Vous êtes tous les bienvenus : stagiaires, doctorants, ingénieurs, chercheurs, ...

Le prochain JeBiF pub à Clermont-Ferrand:

JeBiF vous donne rendez-vous le mardi 22 octobre à Clermont-Ferrand au bar Le Rimbaud à partir de 18h30

Date: mardi 22 octobre - 18h30

Lieu: Place Louis Aragon, 63000 Clermont-Ferrand

Inscription: https://jebif.fr/events/jebif-pub-clermont-ferrand-17/



(passé) JeBiF pub à Paris:

Le jeudi 19 septembre, JeBiF a donné rendez-vous aux (jeunes) bioinformaticiens de la région parisienne pour une édition Bach to School. C'est près d'une cinquantaine de personnes qui se sont rencontrées pour discuter de bio-informatique et de parcours professionnels. A l'initiative de bénévoles, une activité "brise-glace" a été mise en place pour faciliter les échanges entre étudiants, doctorants, ingénieurs et permanents !

Date: jeudi 19 septembre - 18h30

Lieu: Mayflower, 49 rue Descartes, 75005 Paris


(passé) JeBiF pub à Toulouse:

Arthur Durante (membre du conseil d’administration) a effectué une présentation de JeBiF aux nouveaux Master 1 du master bio-info de l’université Paul-Sabatier. Il a ensuite réuni les jeunes bioinformaticiens au Dubliners pour discuter de manière plus informelle !

Date: jeudi 29 aout

Lieu: The Dubliners, 24av Marcel Langer


Il n'y a pas de JeBiF Pubs dans votre ville ?

Dans ce cas, n'hésitez pas à rejoindre notre Discord ou à nous contacter : https://jebif.fr/contact/.

Association des Jeunes Bioinformaticiens de France
À l'affiche

Au programme

Pour cette édition, nous ajoutons les formations (F), les workshops (W) et hackathon (H) en plus des conférences (C).

Octobre

Novembre

Décembre

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