Bioinformations n° 28 - octobre 2021

La trousse remplie d'outils pour cette rentrée

Quoi de mieux que de relancer une éternelle bataille entre bioinformaticiens et biostatisticiens pour la rentrée ? Heureusement Pierre Poulain et Gaëlle Lelandais ont fait pour bioinfo-fr.net une analyse sans les trolls habituels sur le choix entre R et Python. Mélange équilibré de points factuels et de retours d'expérience, ils nous apportent une analyse de leurs propres choix à la fois professionnels mais aussi d'enseignement. Ils abordent aussi à cette occasion l'impact qu'ont pu avoir certains changements techniques comme communautaires de ces langages.

Autre outil à l'honneur dans la trousse, les métabarcodes. À notre époque où la biodiversité est une préoccupation majeure, les métabarcodes viennent apporter une source solide d'information pour l'étude taxonomique d'un environnement. Par son implication dans un projet d'étude de la biodiversité marine, Pierre-Edouard Guérin nous guide à travers l'intégralité des étapes permettant la création et l'analyse de métabarcodes de qualité.

Enfin, la manipulation d'intervalles est chose commune dans notre profession, mais est-ce que tout le monde la maîtrise ? L'introduction à cet exercice via R par Jonathan Kitt est un bon moyen de se tester sur le sujet !

Save the date : 25 octobre, Assemblée Générale de JeBiF

Notre Assemblée Générale annuelle arrive très bientôt ! 

Cet événement sera l’occasion de renouveler le Conseil d’Administration, l’organe décisionnel de notre association.

Pour pouvoir voter, il vous suffit d’être membre de JeBiF. Si vous ne l’êtes pas encore, rendez-vous ici : https://jebif.fr/app/membership/subscription/ 

Adhérer, c’est un moyen de nous soutenir sur nos projets et événements, prendre part à la vie de l’association, et être au courant de nos actualités par notre liste de diffusion !

Pour cette année, nous avons 7 candidatures pour le Conseil d’Administration :

L’élection du futur CA se fera au format dématérialisé, avec l’approbation du bilan moral et financier de l’exercice 2020/2021. Elle débutera le lundi 11 octobre, et se terminera lors de l’Assemblée Générale, le lundi 25 octobre.

Cette dernière se déroulera sur notre serveur Discord, rejoignez-nous ! https://discord.gg/5uAZbUbJaN

Bientôt 10 ans, quel avenir pour le bioinfo-fr ?

C'était en mars dernier sur bioinfo-fr.net, le blog approche de ses 10 ans. Une décennie d'articles écrits par des personnes de tous horizons, des étudiants aux chercheurs de tous bords en passant par la diversité de métiers qui composent la bioinfo. Les auteurs se font toutefois de plus en plus rares alors que les sujets de bioinfo, de biostat voire de data science sont toujours plus nombreux. Pourtant Léopold Carron rappelait récemment à quel point écrire sur un blog communautaire peut être enrichissant.

Alors, même si 10 est un beau chiffre rond pour s'arrêter, nous les admins de bioinfo-fr.net et les quelques auteurs encore présents, nous aimerions continuer l'aventure vers un autre chiffre rond. On espère que vous trouverez demain l'inspiration pour un article ou plusieurs si affinité, pour redonner un élan à notre et votre blog ! Si vous souhaitez partager votre plume, nous sommes joignables à l'adresse contribuer[AT]bioinfo-fr.net et toujours et encore sur IRC depuis le réseau Libera à présent !

Save the date : 23-26 novembre, journées du GDR BIM

Avec la situation sanitaire de 2020 et 2021, l'animation scientifique du GDR BIM avait du s'adapter et faire preuve de créativité en mettant en place des journées à distance et des séminaires numériques.

A l'automne 2021, le GDR reprend ses activités en présentiel.  Pour savourer le plaisir de se retrouver, nous vous convions aux prochaines journées du GDR, sur 4 jours.

La dernière édition, en 2019 à Paris, avait rassemblé près de 200 personnes.  Pour 2021, ce sera à Lyon, du 23 au 26 novembre. Au programme:  des journées des groupes de travail BIOSS (Biologie Systémique Symbolique), MASIM (Bioinformatique Structurale) et SeqBIM (Algorithmique pour l'Analyse de Séquences), ainsi qu'une journée plénière transverse dont le fil rouge sera "L'évolution dans tous ses états". Et bien sûr : des pauses cafés, des discussions à bâtons rompus et des nouvelles rencontres.

Toutes les informations, le programme et le formulaire d'inscription sont disponibles sur le site du GDR: https://www.gdr-bim.cnrs.fr/journees-du-gdr-bim-2021

Interview de Samuel Alizon

Samuel Alizon, chercheur au CNRS, spécialisé en épidémiologie moléculaire virale, nous parle de sa collaboration avec l’IFB pour déployer un site web autour des outils (COVIDici & Rt2) de modélisation scientifique développés par son équipe (ETE : Évolution Théorique et Expérimentale) pour la crise mondiale du COVID-19.

Chercheur en biologie de l’évolution au sein du Laboratoire des Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Samuel Alizon répond à nos questions concernant son expertise en modélisation des maladies infectieuses, le processus co-évolutif entre politique de santé publique et évolution virale dans la cette crise sanitaire mondiale, pression de sélection, vaccin ARN, etc. Les deux outils, Rt2 et COVIDici, déployés par son équipe durant cette période pandémique sont dès lors hébergés sur les serveurs IFB (Cloud IFB-core à Lyon) et offrent “des modèles qui nous aident à décrire, à comprendre et aussi à prévoir le comportement de l’épidémie”. Ces outils de visualisation fonctionnent à l’échelle nationale, régionale et départementale et sont en accès public, à destination du grand public, afin que les gens puissent aller voir chaque jour dans un département donné quel est l’état de l’épidémie.

Nouveau bureau de la SFBI et lauréats des prix JOBIM

Lors de JOBIM2021 organisé par l’institut Pasteur, 3 membres du bureau de la SFBI sont partis et vous avez voté pour 3 nouveaux membres:

Julien Fumey (Pasteur, Paris) a quitté son rôle de président, tout comme Sarah Djebali (INSERM, Toulouse) très impliquée dans l’édition des bioinformations et l’organisation des prix SFBI, ainsi que Samuel Mondy (INRAE, Dijon) qui avait en charge l’attribution des bourses de voyage. Nous accueillons cette année, Elodie Darbo (Université de Bordeaux ), Delphine Potier (CNRS, Marseille), et Cyril Noel (Ifremer, Brest)

Les rôles de chacun ne sont pas encore définis, mais nous avons déjà de nouvelles idées et missions que nous aimerions prendre en charge ou vous proposer. En effet comme indiqué lors de l’AG, nous avons rejoint le groupement des sociétés savantes de France (CoSSAF), et des sujets comme l’organisation conjointe d’un JOBIM/ISMB-ECCB en 2023 sont à discuter. Nous souhaitons pour ce type de sujet  connaître votre avis avant de prendre position. Nous vous en reparlerons très vite.

Cette année nous avons mis en place un système de bourses pour l’organisation d'évènements d’animation scientifique. Et quoi de mieux que les évènements délocalisés de JOBIM pour lancer pleinement l’initiative? Nous continuons de soutenir des évènements, alors pour plus d’informations, rendez-vous sur les pages dédiées aux subventions : bourses de voyage, bourses évènements.

Lors de JOBIM vous nous avez aidés à sélectionner les lauréats des 3 prix SFBI (1 prix pour la meilleure présentation orale, et 2 prix pour les meilleurs posters) et nous vous en remercions. Nous tenons à féliciter de nouveau:

• pour la meilleure présentation orale : Camille Roquencourt, du CEA de Saclay pour son travail sur processing of Proton Transfer Reaction Time-of Flight Mass Spectrometry (PTR-TOF-MS) data for untargeted biomarker discovery in exhaled breath: application to COVID-19 intubated ventilated patient

• pour les 2 meilleurs posters:

• Lada Isakova du laboratoire IBENS / ENS à Paris, pour son travail intitulé solving conflicts when gene and genome evolution disagree in paleopolyploid plants

• Laura Morel, du larboratoire GenPhyse / INRAE à Toulouse, pour son travail sur VizfaDa: Visualisation of FAANG Data

Retrouvez l’ensemble des présentations orales sur la chaîne Youtube de la SFBI, et pour les posters ils seront mis prochainement en ligne et vous pourrez retrouver l’adresse sur le site de JOBIM et sur le site de la SFBI.

Retour sur notre Workshop JeBiF@JOBIM & le Student Council Symposium 2021

Cette année, JeBiF a organisé son workshop annuel en amont de JOBIM, et entièrement au format dématérialisé, durant la journée du 5 juillet.

Nous avons accueilli Céline Scornavacca pour son keynote “Phylogenomics among trees and networks: a challenging accrobranche”, ainsi que Morgane Thomas-Chollier, Amaury Vaysse et Francesco Strozzi lors de nos tables rondes sur la versatilité des métiers de la bioinformatique, et l’importance d’une communauté française de bioinformaticiens.

L’événement a réuni plus d’une soixantaine de personnes et a été conclu par un social event consistant en des mini-jeux en ligne sur le serveur (vocal) Discord JeBiF..

Par ailleurs, L’association a participé activement à l’organisation de l’ISCB Student Council Symposium qui s’est déroulé en ligne du 23 au 24 juillet. De nombreux membres de notre CA s’étaient investis dans l’organisation : Victor était co-responsable de l’événement, Slim était responsable des finances, Emma était membre du comité de programme du SCS, le site internet était maintenu par Xavier, et Mathias était co-responsable du social event.

Cet événement a réuni jusqu’à quatre-vingt dix jeunes acteurs de la communauté bioinformatique internationale en simultané. A cette occasion, nous avons eu l’honneur d’assister aux keynotes de Wolfgang Huber, Nicola Mulder et Yana Bromberg. 

La collaboration avec les groupes régionaux du Student Council était une super expérience. L’équipe JeBiF a été ravie de représenter les valeurs françaises / la communauté française des jeunes bioinfo.

EMERGEN et ABRomics : les deux nouveaux projets de l’IFB

Le projet EMERGEN est financé par les ministères français de la Santé et de la Recherche. Il est porté par l'ANRS-MIE et Santé Publique France, en collaboration avec l'Inserm, le Centre National de Référence, plusieurs autres plateformes de séquençage, et l'IFB/ELIXIR-FR. EMERGEN est un consortium créé début 2021 pour la surveillance et la recherche sur les infections à pathogènes EMERgents via la GENomique microbienne. Il a une double vocation de surveillance génomique et de recherche. L’IFB est partie prenante et collabore  avec l'Inserm pour déployer des ressources informatiques (système de stockage et de calcul) permettant l'analyse des séquences génomiques du SRAS-CoV-2 combinées avec des données de santé. A ce titre, l’IFB propose également des services de courtage de données pour faciliter le dépôt systématique des génomes viraux dans des dépôts internationaux (GISAID et EBI-ENA). 

La phase 1 du serveur EMERGEN-DB est entrée en production et a permis de rassembler les annotations de variants pour 166 327 génomes viraux caractérisés par les installations de séquençage NGS du consortium. Depuis juillet 2021, il collecte également les génomes “consensus” du virus associé à chaque prélèvement. 

Dans le cadre de la phase 2 (collecte et traitement des données brutes de séquençage), l’IFB a également déployé un domaine COVID19 sur le serveur Galaxy national (covid19.usegalaxy.fr), équipé de tous les outils nécessaires à l’analyse des données NGS de SARS-CoV-2.

La phase 3 permettra ensuite d’apparier les données de séquences virales avec les données des patients, sur une installation informatique certifiée pour le stockage des données de santé (HDS), en collaboration avec l'Inserm et le CINES. L’IFB ouvre 4 postes de 24 mois, surveillez les actualités pour les postes à venir.

EMERGEN : Lire l’article entier 

Basé sur l'environnement logiciel et le système de gestion des données développés dans le cadre de MuDiS4LS, le projet ABRomics-PF vise à développer une plateforme en ligne intersectorielle sécurisée One Health pour rendre accessibles les données de (méta)génomique des maladies infectieuses bactériennes et leurs métadonnées cliniques et épidémiologiques. Ces donnée seront associées à un méta-réseau de chercheurs comprenant des épidémiologistes, des microbiologistes cliniques et la communauté de recherche au sens large. La plateforme répondra à deux objectifs principaux :

- Établir un référentiel de données microbiologiques multi-omiques pour répondre à des questions de recherche spécifiques liées au ABR (AntiBioRésistance).

- Établir une plateforme partagée pour faciliter la surveillance des ABR.

Le projet ABRomics-PF est piloté par l'IFB et l'Institut Pasteur et est constitué d'un consortium de 45 équipes appartenant aux principaux organismes de recherche français. ABRomics-PF est financé à hauteur de 2 M€ pour 4 ans et a débuté en septembre 2021.

ABRomics : Lire l’article entier

Renouvellement des plateformes et bilan d'activité de l’IFB

Pour tout savoir sur les réalisations des deux dernières années de l’IFB consultez le dernier rapport d’activité 2019-2020 de l’institut. Il détaille les développements scientifiques et techniques de l’Institut et revient sur les activités, réalisations et projets des membres de l’infrastructure au service des communautés nationale et internationale. 

Lire le rapport en entier

En 2020 le processus de renouvellement des plateformes à conduit l’institut à définir trois modalités de contribution à l'infrastructure nationale de services: plateforme membre, plateforme contributrice et équipe associée. Au total, l'appel 2020 a conduit à l'adhésion de 21 plateformes membres, 8 plateformes contributrices et 7 équipes associées, validée par le Conseil d'Administration de l'IFB. La nouvelle liste des plateformes bioinformatiques affiliées partenaires est disponible sur le site de l'IFB.

Lire l’article entier

Le retour des JeBiF Pubs !

Après un an et demi d’arrêt, nous relançons les JeBiF Pubs !

Ces événements, populaires aux quatre coins de la France, vous permettront de rencontrer les jeunes bioinformaticiens de votre ville dans un cadre informel, autour d’un verre.

Néanmoins, afin de permettre à ces événements de se dérouler sans problème, nous vous demandons de bien vouloir respecter les normes en vigueur dans les lieux où vous vous retrouverez.

Si vous souhaitez en organiser un chez vous, n’hésitez pas ! Envoyez-nous un mail à l’adresse contact@jebif.fr, et nous vous indiquerons les instructions vous permettant de réaliser votre événement dans votre ville.

L’association se réserve cependant le droit de ne plus accepter l’organisation de JeBiF Pubs si les conditions sanitaires ne sont plus propices à leur tenue.

En espérant vous y voir nombreux !

Clôture budgétaire, pensez adhésion SFBI

La fin de l'année approche et il vous reste des crédits ? Au lieu de commander un énième disque dur, pourquoi ne pas prendre une à la Société Française de Bioinformatique (SFBI) pour votre laboratoire/Équipe de Recherche/Plateforme ? Coût : 300 euros. Nous acceptons les adhésions par anticipation pour 2022.

Avantages :

Pour adhérer : contactez par email notre trésorerie à sfbi.tresorerie@gmail.com

Pour les adhésions individuelles, cela se passe directement sur votre compte SFBI (mais il faudra attendre 2022 pour renouveler votre adhésion).

Au programme

Avec l’amélioration de la situation sanitaire, les conférences et formations reprennent plus intensément, parfois même en présentiel ! Voici ce qui vous attend dans les prochains mois :

• l’école thématique DigiCosme sur le thème <<Machine learning and integrative approaches>> du 25 au 29 octobre en virtuel 

• CompSysBio : un cours avancé sur la biologie des systèmes proposé par l’INRIA du 14 au 19 novembre à Aussois

• la conférence CIBB (International Conference on Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics) du 15 au 17 novembre en virtuel 

• la conférence AHIT (International Conference on Advances in Health Information Technology) su 15 au 18 novembre à Oklahoma City aux USA 

• une formation <<FAIR DATA : Science Ouverte & PGD>> proposée par l’IFB du 15 au 18 novembre en virtuel 

• un atelier <<Metabolism and mathematical models: Two for a tango>> les 18 et 19 novembre en virtuel 

• ComplexNGS : un cours sur l’analyse de données NGS en lien avec les caractères complexes du 22 au 26 novembre à Berlin en Allemagne 

• la conférence EvoLyon le 23 novembre à Lyon 

• les journées du GDR BIM du 23 au 26 novembre à Lyon 

• l’école (JC)2BIM du 6 au 10 décembre à Rennes